Belangrijk verschil - Genotypering versus sequencing
Genotypering en sequencing zijn twee technieken die worden uitgevoerd om informatie te verkrijgen over de nucleïnezuren, voornamelijk DNA van een organisme. Het belangrijkste verschil tussen genotypering en sequencing is dat genotypering het proces is om te bepalen welke genetische variant het individu bezit met behulp van markers, terwijl sequencing de bepaling is van de juiste volgorde van de nucleotidesequentie binnen het gegeven fragment van DNA.
Wat is genotypering?
Genotypering is de bepaling van de genetische samenstelling van een individu met behulp van een sequentie van DNA en markers en vergelijking en identificatie van de overerving ervan. Genotypering is belangrijk in de evolutionaire biologie, populatiebiologie, taxonomie, ecologie en genetica van de organismen. Het kan worden uitgevoerd met verschillende technieken, waaronder DNA-sequencing, polymerasekettingreactie, restrictiefragmentlengtepolymorfisme (RFLP), willekeurig geamplificeerde polymorfe detectie, geamplificeerd fragmentlengtepolymorfisme (AFLP), DNA-microarrays, enz.
Genotypering omvat het sequencen van bepaalde kleine fragmenten van DNA-sequenties en het vinden van verwantschap van de genetische samenstelling met andere individuen met behulp van genetische markers. Het bepa alt de single nucleotide polymorphisms (SNP's) tussen de individuen of de specifieke allelen. Genotypering is toepasbaar op een breed scala van organismen, inclusief de mens. Het is ook toepasbaar op micro-organismen zoals virussen, schimmels enz. en kan worden gebruikt om hun genetische varianten te bepalen met de referentieprofielen. In de moleculaire epidemiologie en forensische microbiologie wordt de bestrijding van ziekteverwekkers, met name micro-organismen, gedaan door de informatie verkregen uit genotypering. Genotypering is erg belangrijk bij stamboomanalyse. Mensen worden gegenotypeerd om het moeder- en vaderschap te bevestigen. Genotype onthult de dominante en recessieve allelen van genen die specifieke eigenschappen bepalen.
Figuur_1: RFLP genotypering
Wat is reeksen?
Sequencing is het proces waarbij de juiste volgorde van de nucleotide in een bepaald DNA- of RNA-fragment wordt bepaald. Vrijwel alle informatie die nodig is voor de groei en ontwikkeling van een organisme is gecodeerd in zijn genoom. De beschikbaarheid van technieken voor het produceren en scheiden van enkele honderden nucleotiden lange nucleïnezuurfragmenten leidde tot de ontwikkeling van procedures om de exacte nucleotidesequentie van een bepaald fragment van DNA of RNA te bepalen. Er zijn tegenwoordig verschillende soorten sequentiemethoden beschikbaar. Deze sequentiemethoden, samen met de technologieën voor de constructie van genoombibliotheken die het volledige genoom van een organisme vertegenwoordigen, vergemakkelijken de sequentiebepaling van het volledige genoom van dat organisme, waardoor een diepgaande analyse wordt gemaakt van genstructuren, genfuncties, genlocaties, genexpressies, genmapping, genregulerende regio's enz.
De totale genomen van veel virussen, verschillende bacteriën, archaebacteriën, gisten en enkele andere organismen zijn gesequenced en in kaart gebracht. Het menselijk genoomproject heeft het mogelijk gemaakt om het hele menselijke genoom te sequensen en in kaart te brengen en de eerste versie ervan in 2003 te publiceren. Het is een belangrijke mijlpaal in de vooruitgang van de biologie. Menselijke genoomsequenties worden nu in de medische sector gebruikt om genetische oorzaken voor zeldzame ziekten te identificeren, ziekterisico's bij pasgeborenen te screenen, genetische details van verschillende vormen van kanker te identificeren, nieuwe therapieën te ontwikkelen en nieuwe diagnostische hulpmiddelen te ontwikkelen, enz.
In de plantenwereld is de sequentie van het genoom van rijst en Arabidopsis bepaald. Kennis van deze sequenties zal ongetwijfeld een revolutie teweegbrengen in ons begrip van hoe cellen en organismen functioneren.
Figuur_2: Een autoradiogram van sanger-sequencing
Wat is het verschil tussen genotypering en sequencing?
Genotypering versus sequencing |
|
| Genotypering is het proces waarbij de genetische samenstelling van een individu wordt bepaald en de groep of de taxonomie van dat organisme wordt gecontroleerd. | Sequencing is het proces waarbij de precieze volgorde van nucleotiden van een bepaald DNA- of RNA-fragment wordt bepaald. |
| Technieken | |
| RFLP, Gen-sequencing, PCR, DNA-microarrays, AFLP enz. | Sanger-sequencing, Gilbert-sequencing, Pyrosequencing, Next Generation Sequencing, Shotgun-sequencing enz. |
| Grote zorgen | |
| Dit is meer bezorgd over de vraag of de genotype-verschillen de werkelijke fenotype-verschillen opleveren. | Dit is meer bezorgd over de volgorde van de nucleotiden en de verschillen en veranderingen met andere organismen. |
Samenvatting – Genotypering versus sequencing
Genotypering en sequencing zijn nuttig voor het bestuderen van de genetische informatie van organismen. Genotypering is het proces van het bepalen van genotypevariaties tussen individuen en het vinden van hun categorieën. Sequentiebepaling is het proces van het bepalen van de juiste volgorde van de nucleotiden in het geïnteresseerde fragment of het DNA-gebied. Beide technieken geven belangrijke informatie over de genen en genomen.
