Het belangrijkste verschil tussen Rho-afhankelijke en Rho-onafhankelijke terminatie is dat bij Rho-afhankelijke terminatie de Rho-factor bindt met het transcript en transcriptie beëindigt door waterstofbruggen tussen de template en het transcript te verbreken, terwijl Rho-onafhankelijke terminatie de transcriptie beëindigt door het produceren van een haarspeldlusstructuur en vervolgens een U-rijk gebied in het transcript.
Transcriptie is een van de twee stadia van genexpressie. Het is het proces dat een mRNA-sequentie produceert uit de genetische informatie die verborgen is in de DNA-sequentie van het gen. Transcriptie vindt plaats via drie stappen: initiatie, verlenging en beëindiging. RNA-polymerase-enzym bindt aan de promotorsequentie van het gen en begint de synthese van de RNA-streng te katalyseren. Totdat de terminatorsequentie is gevonden, voegt RNA-polymerase nucleotiden toe en bouwt de RNA-streng op. Bij prokaryoten vindt beëindiging plaats via twee belangrijke beëindigingsstrategieën: Rho-afhankelijke beëindiging en Rho-onafhankelijke beëindiging. Rho-factor is een eiwit met helicase-activiteit.
Wat is Rho-afhankelijke beëindiging?
Rho-afhankelijke terminatie is een van de twee typen transcriptieterminatiestrategieën die voorkomen in prokaryoten. Rho-factor is een eiwit met helicase-activiteit.
Figuur 01: Rho-afhankelijke beëindiging
Rho-eiwit bindt met het RNA-transcript en beweegt langs het RNA-polymerase in 5'-3'-richting, wat de dissociatie van waterstofbindingen tussen de DNA-matrijs en RNA-transcript stimuleert. Wanneer de Rho-factor de transcriptiebel bereikt, trekt deze de DNA/RNA-hybride uit elkaar en laat het transcript vrij uit de transcriptiebel. Wanneer dit gebeurt, wordt de transcriptie beëindigd.
Wat is Rho Independent Beëindiging?
Rho onafhankelijke terminatie is de tweede strategie die prokaryotische transcriptie beëindigt. Gewoonlijk heeft een terminatorgebied een omgekeerde herhalingssequentie. Onmiddellijk na de omgekeerde herhalingssequentie is er een adeninerijk gebied (AAAA). Wanneer RNA-polymerase vooruitgaat, produceert het een mRNA-sequentie. Omdat de twee regio's complementair zijn in het gebied van de omgekeerde herhalingssequentie, vormt het een haarspeldlusstructuur vanwege waterstofbinding. De volgende regio is de U-rijke regio. Haarspeldstructuur stopt de RNA-polymerase-activiteit.
Figuur 02: Rho Onafhankelijke Beëindiging
Bovendien zijn er in de U-rijke regio's zwakke interacties tussen U-basen van transcript en A-basen van de sjabloon. Deze zwakke Adenine-Uracil-bindingen destabiliseren de DNA-matrijs en het RNA-transcript en scheiden elkaar. Uiteindelijk komt transcript vrij van de transcriptiesite.
Wat zijn de overeenkomsten tussen Rho Dependent en Rho Independent beëindiging?
- Rho-afhankelijke en Rho-onafhankelijke beëindiging zijn twee belangrijke beëindigingsstrategieën die worden gevonden in prokaryoten.
- Beide vormen geven transcript van de DNA-template vrij om de transcriptie te beëindigen.
Wat is het verschil tussen Rho Dependent en Rho Independent beëindiging?
Rho-afhankelijke terminatie wordt gemedieerd door een Rho-eiwit, terwijl Rho-onafhankelijke terminatie plaatsvindt via de vorming van een haarspeldlusstructuur. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen Rho-afhankelijke en Rho-onafhankelijke beëindiging. Bovendien maakt Rho-eiwit gebruik van ATP-energie, terwijl Rho-onafhankelijke beëindiging geen Rho-eiwit omvat en geen ATP-energie gebruikt. Daarom is dit ook een significant verschil tussen Rho-afhankelijke en Rho-onafhankelijke beëindiging.
De onderstaande infographic toont meer vergelijkingen met betrekking tot het verschil tussen Rho-afhankelijke en Rho-onafhankelijke beëindiging.
Samenvatting – Rho Dependent vs Rho Independent beëindiging
Rho-afhankelijke en Rho-onafhankelijke terminatie zijn de twee belangrijkste transcriptieterminatiemechanismen die voorkomen in prokaryoten. Een Rho-eiwit is verantwoordelijk voor de transcriptieterminatie in Rho-afhankelijke terminatie. Daarentegen vindt Rho-onafhankelijke beëindiging plaats via een vorming van de haarspeldlusstructuur. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen Rho-afhankelijke en Rho-onafhankelijke beëindiging.
