Het belangrijkste verschil tussen CDS en ORF is dat CDS die feitelijke nucleotidesequentie van een gen is die zich verta alt in een eiwit, terwijl ORF een stuk DNA-sequentie is die begint met de translatie-initiatieplaats (startcodon) en eindigt met een vertalingsbeëindigingssite (stopcodon).
Een gen heeft een coderende sequentie (CDS). Het bestaat uit totale exons van het gen en een startcodon en een stopcodon. Het is het eigenlijke deel van het gen dat het eiwit verta alt en produceert. Open leesraam of ORF is een nucleotidesequentie die zich tussen een startcodon en een stopcodon bevindt. Er is geen stopcodon in een ORF dat de genetische code onderbreekt, wat zich verta alt in een eiwit. In prokaryoten zijn CDS en ORF van een gen hetzelfde.
Wat is CDS?
CDS of coderende sequentie is het deel van het gen dat zich daadwerkelijk in een eiwit verta alt. Het bestaat uit exons en twee codons die bekend staan als AUG-codon en stopcodon. CDS bevat geen twee onvertaalde regio's: 5' UTR en 3 UTR. Bovendien zijn introns niet opgenomen in CDS.
Figuur 01: Codeervolgorde
In vergelijking met het hele genoom van een individu, zijn coderende sequenties een kleine fractie. Coderende sequentie bestaat uit de noodzakelijke nucleotidesequentie om de aminozuursequentie van het eiwit te maken. Daarom zijn CDS geconcentreerde exons die kunnen worden onderverdeeld in nucleotidetriplets of codons. Codons geven aanleiding tot aminozuren.
Wat is een ORF?
Open leesraam of ORF is het continue stuk van een nucleotidesequentie die begint met een startcodon en eindigt met een stopcodon. In eenvoudige bewoordingen verwijst ORF naar het gebied van de nucleotidesequentie die zich tussen start- en stopcodons bevindt. Daartussen is er geen stopcodon dat de ORF onderbreekt. De nucleotidesequentie tussen start- en stopcodon codeert voor aminozuren. Over het algemeen is startcodon ATG, terwijl stopcodons TAG, TAA en TGA zijn. ORF geeft een functioneel eiwit wanneer het wordt getranscribeerd en vertaald. Daarom omvat ORF een startcodon, verschillende codons in het middengebied en een stopcodon. Interessant is dat ORF een lengte heeft die kan worden gedeeld door drie.
Figuur 02: Leeskader openen
In prokaryoten is ORF, aangezien er geen introns zijn, de coderende sequentie van een gen dat direct in mRNA wordt omgezet. Daarom zijn CDS en PRF hetzelfde in prokaryoten. Bij het zoeken naar genen in prokaryoten is het gemakkelijk om een ORF te detecteren en een gen in prokaryoten te vinden. In eukaryoten, aangezien er introns zijn, is ORF de codonsequentie die zich vormt na verwerking of RNA-splitsing. ORF is een bewijsstuk dat helpt bij het voorspellen van genen, zolang ORF waarschijnlijk deel uitmaakt van een gen.
Wat zijn de overeenkomsten tussen CDS en ORF?
- In prokaryoten zijn CDS en ORF hetzelfde.
- Beiden hebben startcodon en stopcodon.
- Ze hebben een aantal nucleotiden die deelbaar zijn door drie.
- Zodra ze vertalen, produceren ze aminozuursequenties.
Wat is het verschil tussen CDS en ORF?
CDS is het eigenlijke deel van het gen dat zich verta alt in een eiwit, terwijl ORF het stuk DNA is tussen een startcodon en een stopcodon. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen CDS en ORF. Bovendien bevat CDS geen introns, maar ORF kan introns bevatten. CDS transcribeert volledig in een complete mRNA-sequentie, terwijl ORF een deel van de mRNA-sequentie kan zijn. Dit is dus een ander verschil tussen CDS en ORF.
Hieronder worden de verschillen tussen CDS en ORF naast elkaar weergegeven.
Samenvatting – CDS vs ORF
CDS en ORF zijn twee belangrijke onderdelen van een gen. CDS verwijst naar het eigenlijke DNA-gebied dat zich verta alt in een eiwit. ORF is een DNA-sequentie die begint met startcodon "ATG" en eindigt met een van de drie terminatiecodons (TAA, TAG of TGA). ORF kan een deel zijn van het volledige mRNA van een gen. De coderende sequentie van een gen wordt echter getranscribeerd om de mRNA-sequentie te voltooien. Alle CDS's zijn ORF's. Maar niet alle ORF's zijn CDS's. Dit vat dus het verschil tussen CDS en ORF samen.
