Belangrijk verschil – AFLP vs RFLP
DNA-onderzoeken zijn van enorm belang bij het begrijpen en bepalen van fylogenetische relaties, het diagnosticeren van genetische ziekten en het in kaart brengen van de genomen van organismen. Verschillende technieken geassocieerd met DNA-analyse worden ook gebruikt voor de identificatie van een bepaald gen of een DNA-sequentie in een pool van onbekend DNA. Ze staan bekend als moleculaire markers. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) en Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) zijn twee van dergelijke moleculaire markers (methoden) die in de moleculaire biologie zijn ontwikkeld om genetische variatie tussen organismen te detecteren. Beide methoden zijn even belangrijk en hebben voor- en nadelen. Het belangrijkste verschil tussen AFLP en RFLP is dat AFLP selectieve PCR-amplificatie van het verteerde DNA omvat, terwijl RFLP geen selectieve PCR-amplificatie van de DNA-fragmenten omvat.
Wat is AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) is een belangrijk hulpmiddel in de moleculaire biologie en wordt veel gebruikt bij de analyse van genetische variatie. AFLP is gebaseerd op de specifieke PCR-amplificatie van het gefragmenteerde genomische DNA en detectie van het polymorfisme door autoradiogrammen via gelelektroforese. AFLP draagt op grote schaal bij aan het identificeren van genetische verschillen in stammen of nauw verwante soorten van verschillende koninkrijken, waaronder planten, dieren, bacteriën en schimmels. AFLP kan worden uitgevoerd met kleine hoeveelheden onbekende DNA-monsters. Het vereist geen voorafgaande kennis van sequenties en het ontwerpen van sondes.
Stappen van AFLP
- Isolatie van DNA
- Vertering van het DNA met restrictie-endonucleasen
- Ligatie van de beperkte DNA-fragmenten met adapters
- Selectieve versterking van de fragmenten met specifieke restrictieplaatsen
- Scheiding van de PCR-producten door gelelektroforese
- Visualisatie van de gelmatrix door autoradiografie
AFLP is een meer gevoelige en reproduceerbare methode die kan worden gebruikt bij DNA-profilering van verschillende taxa, waaronder schimmels, bacteriën, planten en dieren zonder voorafgaande kennis van DNA-sequenties. Het helpt bij het identificeren van kleine verschillen tussen individuen in populaties vanwege de zeer gevoelige aard. AFLP is ook belangrijk bij het in kaart brengen van het genoom, forensische studies, ouderlijk testen, genotypering, enz.
Figuur 01: AFLP
Wat is RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLP's) is een techniek die wordt gebruikt om de genetische variaties in homologe DNA-sequenties te detecteren. Het is de eerste methode die is ontwikkeld voor DNA-profilering. Organismen hebben unieke DNA-vingerafdrukken of DNA-profielen. RFLP dient als een belangrijk hulpmiddel om de variatie tussen DNA-profielen van intraspecifieke of nauw verwante organismen te analyseren, aangezien homologe sequenties verschillende restrictieplaatsen (locaties) hebben die uniek zijn voor een bepaald organisme. Wanneer homoloog DNA wordt verteerd met specifieke restrictie-endonucleasen, zal dit resulteren in verschillende DNA-profielen die uniek zijn voor elk individu. Daarom is het principe van deze methode de detectie van genetische variatie tussen organismen door homoloog DNA te beperken met specifieke restrictie-enzymen en analyse van het fragmentlengtepolymorfisme via gelelektroforese en blotting. Blotpatronen zijn uniek voor elk organisme en karakteriseren de specifieke genotypen.
Stappen van RFLP
- Isolatie van voldoende DNA uit monsters
- Fragmentatie van de DNA-monsters met specifieke restrictie-endonucleasen in korte sequentie
- Scheiding van de resulterende fragmenten met verschillende lengtes door agarosegelelektroforese.
- Overbrengen van het gelprofiel naar een membraan door Southern blotting
- Hybridisatie van het membraan met gelabelde probes en analyse van het fragmentlengtepolymorfisme in elk profiel
RFLP is een zeer belangrijke techniek bij het opsporen van overerving van ziekten en het vinden van het risico van het optreden van de ziekte bij familieleden. RFLP wordt ook vaak gebruikt bij het in kaart brengen van het genoom, het identificeren van criminelen in forensisch onderzoek, vaderschapstests, enz. RFLP heeft ook verschillende beperkingen. RFLP vereist de voorkennis van sequentiegegevens om probes voor hybridisatie te ontwerpen. Het vereist ook isolatie van voldoende DNA uit het monster om te analyseren, wat moeilijk is in forensisch onderzoek.
Figuur 01: RRFLP-toewijzing
Wat is het verschil tussen AFLP en RFLP?
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP omvat selectieve PCR-amplificatie van het verteerde DNA. | RFLP houdt geen PCR in, tenzij het PCR-RFLP is. |
| Volgende kennis | |
| Voorkennis van de volgorde is niet vereist. | Kennis van eerdere sequenties is vereist om RFLP-sondes te ontwerpen. |
| Betrouwbaarheid | |
| Dit is betrouwbaarder. | Dit is minder betrouwbaar in vergelijking met AFLP. |
| Efficiëntie bij het detecteren van polymorfisme | |
| Dit heeft een hogere efficiëntie bij het detecteren van polymorfisme dan RFLP. | Dit is minder efficiënt in vergelijking met AFLP. |
| Kosten | |
| Dit is een beetje duur in vergelijking met RFLP. | Dit is goedkoper in vergelijking met AFLP. |
| Toepassingen | |
| AFLP's zijn toegepast op genoommapping, DNA-fingerprinting, genetische diversiteitsonderzoeken, vaderschapstesten en forensisch onderzoek | RFLP-analyse is een belangrijk hulpmiddel bij het in kaart brengen van het genoom, het lokaliseren van genen voor genetische aandoeningen, het bepalen van het risico op ziekte en vaderschapstests. |
Samenvatting – AFLP vs RFLP
AFLP en RFLP zijn twee technieken die worden gebruikt als genetische markers voor de evaluatie van diversiteit en beoordeling van de genetische relaties in de moleculaire biologie. AFLP dient als een efficiënte en gevoelige methode voor de detectie van genetisch polymorfisme tussen organismen dan RFLP. Hoewel beide methoden verschillende efficiënties hebben bij het detecteren van genetische variaties, worden ze nog steeds gebruikt voor DNA-vingerafdrukken en ziektediagnose.
