Belangrijk verschil – VNTR vs STR
DNA-onderzoeken zijn enorm nuttig bij het begrijpen en bepalen van fylogenetische relaties, het diagnosticeren van genetische ziekten en het in kaart brengen van de genomen van organismen. Verschillende technieken geassocieerd met DNA-analyse worden gebruikt voor de identificatie van een bepaald gen of een DNA-sequentie in een pool van onbekend DNA. Ze staan bekend als genetische markers. Genetische markers worden in de moleculaire biologie gebruikt om genetische variatie tussen individuen en soorten te identificeren. Variable number tandem repeat (VNTR) en short tandem repeat (STR) zijn twee soorten genetische markers die polymorfisme tussen individuen vertonen. Beide typen zijn niet-coderend repetitief DNA dat tandemherhalingen zijn. Ze zijn van kop tot staart gerangschikt in chromosomen. VNTR is een sectie van het genoom waar de korte nucleotidesequentie meerdere keren wordt herhaald. STR is een andere sectie van DNA in het genoom die is georganiseerd als herhalende eenheden bestaande uit twee tot dertien nucleotiden in honderd keer. Het belangrijkste verschil tussen VNTR en STR is het aantal nucleotiden in een herhalende sequentie. Herhalende eenheden van VNTR bestaan uit 10 tot 100 nucleotiden, terwijl herhalende eenheden van STR uit 2 tot 13 nucleotiden bestaan. VNTR en STR worden veel gebruikt in forensisch onderzoek.
Wat is VNTR?
Een tandemherhaling is een korte DNA-sequentie die kop aan staart wordt herhaald op een specifieke chromosomale locus. Er is geen andere sequentie of nucleotide binnen de tandemherhaling. Er zijn verschillende soorten tandemherhalingen in het genoom. VNTR is een soort tandemherhaling onder hen met herhalende eenheden bestaande uit 10 tot 100 nucleotiden. VNTR is een soort minisatelliet. Deze tandemherhalingen zijn te vinden in veel chromosomen. Ze zijn verspreid in het menselijk genoom en bevinden zich voornamelijk in de subtelomere gebieden van chromosomen.
VNTR's tonen tandemherhalingspolymorfisme bij individuen. De lengte van de VNTR op een bepaalde locatie van het chromosoom is zeer variabel tussen individuen vanwege de variatie in het aantal herhalende eenheden dat in die DNA-sectie is georganiseerd. Daarom kan VNTR worden gebruikt als een krachtig hulpmiddel bij de identificatie van individuen en wordt VNTR-analyse op veel gebieden gebruikt, waaronder genetica, biologieonderzoek, forensisch onderzoek en DNA-vingerafdrukken. VNTR's waren de eerste genetische markers die werden gebruikt om de implantatie van beenmergtransplantaties te kwantificeren. VNTR's waren ook de eerste polymorfe markers die werden gebruikt bij DNA-profilering in forensisch onderzoek.
Figuur 01: Variatie van VNTR's bij zes personen
VNTR-analyse wordt uitgevoerd via restrictiefragmentlengtepolymorfisme gevolgd door Southern-hybridisatie. Daarom heeft het relatief een groot DNA-monster nodig. De interpretatie van het VNTR-profiel is ook problematisch. Vanwege deze beperkingen is het gebruik van VNTR in de forensische genetica beperkt en is het vervangen door STR-analyse.
Wat is STR?
STR is een zeer repetitieve DNA-sectie die bestaat uit twee tot dertien herhalende nucleotide-eenheden die op een tandem manier zijn georganiseerd. STR lijkt op VNTR. Maar het varieert van VNTR van het aantal nucleotiden in een herhalende sequentie en het aantal herhalingen. STR is een soort microsatelliet.
STR-analyse betrokken bij het meten van het exacte aantal herhalende eenheden. STR's zijn zeer variabel tussen individuen, vergelijkbaar met VNT's. STR-profielen verschillen van persoon tot persoon. Daarom wordt STR-analyse in de moleculaire biologie gebruikt om specifieke loci op DNA van twee of meer monsters te vergelijken. Daarom worden STR's beschouwd als krachtige genetische markers in de moleculaire biologie. Het biedt een uitstekend hulpmiddel voor de identificatie van individuen vanwege hun hoge mate van polymorfisme en relatief korte lengte.
Op dit moment zijn STR's het meest gebruikte hulpmiddel voor geanalyseerd genetisch polymorfisme in de forensische genetica. De meeste forensische zaken omvatten STR-polymorfe analyse. STR-loci zijn verspreid over het genoom. Er zijn duizenden STR's in chromosomen die kunnen worden gebruikt in forensische analyse. STR-analyse omvat geen polymorfisme met restrictielengte zoals VNTR-analyse. STR-analyse knipt geen DNA met restrictie-enzymen. Specifieke probes worden gebruikt om gewenste regio's op DNA te hechten en met behulp van PCR-techniek worden de lengtes van de STR bepaald.
Figuur 02: STR-variatie tussen monsters
Wat zijn de overeenkomsten tussen VNTR en STR?
- VNTR en STR zijn niet-coderend DNA.
- Beide zijn tandemherhalingen.
- Beide vertonen polymorfisme tussen individuen vanwege het verschil in de lengte van de DNA-sectie.
- Beide worden gebruikt als krachtige genetische markers bij DNA-vingerafdrukken en in forensisch onderzoek.
Wat is het verschil tussen VNTR en STR?
VNTR vs STR |
|
| VNTR is een niet-coderend repetitief DNA met een korte nucleotidesequentie die op een tandem manier wordt herhaald. | STR is een zeer repetitieve DNA-sectie die bestaat uit twee tot dertien herhalende nucleotide-eenheden die op een tandem manier zijn georganiseerd. |
| Maat | |
| VNTR's zijn groter dan STR's. | STR's zijn kleiner dan VNTR's. |
| Aantal nucleotiden in herhalende reeks | |
| De herhalende eenheid van VNTR bestaat uit 10 tot 100 nucleotiden. | De herhalende eenheid van STR bestaat uit 2 tot 13 nucleotiden. |
Samenvatting – VNTR vs STR
VNTR en STR zijn twee krachtige genetische markers die worden gebruikt in de moleculaire biologie, vooral op het gebied van forensische genetica. VNTR is een soort minisatelliet en STR is een microsatelliet. VNTR en STR zijn niet-coderend, zeer repetitief DNA. Het zijn tandemherhalingen. De algemene structuur van VNTR en STR is hetzelfde. Het aantal nucleotiden in de herhalende sequentie en de lengte zijn echter verschillend. VNTR heeft herhalende sequenties die uit 10 tot 100 nucleotiden bestaan. STR heeft herhalende sequenties bestaande uit 2 tot 13 nucleotiden. Dit is het verschil tussen VNTR en STR.
Download PDF-versie van VNTR vs STR
U kunt de PDF-versie van dit artikel downloaden en gebruiken voor offline doeleinden volgens de citatienotities. Download hier de PDF-versie. Verschil tussen VNTR en STR.
