Het belangrijkste verschil tussen QTL en GWAS hangt af van het type sequenties dat in de analyse wordt gebruikt. QTL gebruikt koppelingsgenloci om fenotypische eigenschappen te analyseren die verband houden met polygene overerving, terwijl GWAS hele genoomsequenties gebruikt om enkelvoudige nucleotidepolymorfismen van een bepaalde aandoening te analyseren.
QTL-kaarten en GWAS spelen een belangrijke rol in de genetische analyses voor verschillende eigenschappen. Bovendien zijn ze belangrijk bij het analyseren van verschillende ziektetoestanden met onbekende etiologie. Daarnaast speelt sequencing bij beide technieken een sleutelrol. Deze technieken kunnen verder worden gekoppeld aan andere technieken met een hoge doorvoer voor een grotere nauwkeurigheid en precisie.
Wat is QTL?
QTL staat voor Quantitative Trait Locus. Het is een gebied van het DNA dat is geassocieerd met een fenotypische eigenschap. Over het algemeen geeft een QTL aanleiding tot polygene effecten. De verdeling van QTL's varieert en het aantal QTL's suggereert de mate van variatie van een bepaald fenotypisch kenmerk. Bovendien coderen ze doorgaans voor onderliggende continue eigenschappen en niet voor discrete eigenschappen.
Na de identificatie van de QTL-regio's, is het belangrijk om een bepaald QTL-gebied te sequensen. Bovendien, om onderzoeken en onderzoek gemakkelijk te maken, vindt het sequencen en opslaan van de sequentiegegevens van de gemeenschappelijke QTL-regio's plaats met de betrokkenheid van bio-informatica. We noemen deze techniek QTL-mapping. Vervolgens wordt een database opgebouwd met de QTL-regiosequenties.
Figuur 01: QTL-scan
Bovendien zijn de toepassingen van QTL-sequenties voornamelijk afhankelijk van de BLAST-tool, waarmee de sequentie-overeenkomst kan worden bepaald. Het is belangrijk bij het afleiden van relaties tussen organismen. Bovendien is het belangrijk bij het bepalen van de complexiteit van een bepaald polygeen fenotype. Het bepa alt ook de evolutie van een bepaalde eigenschap.
Op dit moment wordt QTL-analyse gecombineerd met andere high-throughput-technieken zoals DNA-microarrays. Dit is belangrijk bij de expressieanalyse van het fenotype. Momenteel zijn wetenschappers erg geïnteresseerd in het ontwikkelen van de QTL-database, aangezien QTL-regio's verantwoordelijk zijn voor veel belangrijke eigenschappen van verschillende soorten.
Wat is GWAS?
GWAS staat voor Genome Wide Association Study. Het verwijst ook naar associatiestudies met het hele genoom. Deze studies richten zich vooral op observationele studies. Het analyseert de genetische varianten van verschillende individuen die gewoonlijk worden geassocieerd met een specifieke eigenschap. Bovendien is het hele genoom belangrijk voor GWAS-analyse.
Figuur 02: GWAS
GWAS is een belangrijk hulpmiddel bij de analyse van polymorfismen van één nucleotide die verband houden met verschillende ziektetoestanden. Dit is ook een vergelijkende studie van de verschillende polymorfismen van één nucleotide over een brede populatie. Bovendien is de onderzoekssteekproef van GWAS erg hoog; daarom heeft het ook het formaat van een cross-sectioneel cohortonderzoek.
Verder vond de eerste GWAS-studie plaats met betrekking tot myocardinfarct en analyse van de genen geassocieerd met myocardinfarct. Op dit moment speelt GWAS een belangrijke rol bij het bepalen van de genetische achtergrond van complexe ziekten met onbekende etiologie.
Wat zijn de overeenkomsten tussen QTL en GWAS?
- Ze vertrouwen op DNA-sequentiegegevens voor de analyse.
- Beide worden geassocieerd met de genetische achtergronden van verschillende karakters.
- Bovendien hebben ze bioinformatica-tools nodig om resultaten af te leiden en te interpreteren.
- Ze worden gedaan op grote populaties.
Wat is het verschil tussen QTL en GWAS?
QTL analyseert de fenotypische eigenschappen die geassocieerd zijn met polygene overerving met behulp van gekoppelde genloci, terwijl GWAS enkelvoudige nucleotide-polymorfismen van een bepaalde aandoening analyseert met behulp van hele genoomsequenties. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen QTL en GWAS. QTL-mapping is relatief een minder complexe techniek dan GWAS, omdat het hele genoomsequencing vereist.
De onderstaande infographic vat het verschil tussen QTL en GWAS in tabelvorm samen.
Samenvatting – QTL vs GWAS
QTL-mapping en GWAS spelen een belangrijke rol bij het bepalen van de genetische achtergrond van verschillende fenotypische eigenschappen. Ze helpen ook bij het analyseren van de genetische achtergrond van verschillende ziekten. QTL-mapping brengt de koppelingsgenen in kaart die verantwoordelijk zijn voor continue eigenschappen, en omvat ook het in kaart brengen van de polygene overervingsgenen. GWAS daarentegen vindt plaats met analyse van het hele genoom op polymorfismen van één nucleotide. Bovendien vindt dit plaats over een grotere populatie. Dit is dus de samenvatting van het verschil tussen QTL en GWAS.
