Het belangrijkste verschil tussen kandidaat-gen en GWAS is dat kandidaat-genbenadering de genetische variatie binnen een klein aantal vooraf gespecificeerde genen van belang onderzoekt, terwijl GWAS het hele genoom onderzoekt op een gemeenschappelijke genetische variatie achter een bepaalde ziektetoestand.
Kandidaatgenbenadering en genoombrede associatiestudies (GWAS) zijn twee methoden die belangrijk zijn om genetische vatbaarheid voor ziekten te detecteren. Kandidaat-genbenadering is gebaseerd op een vooraf gespecificeerd klein aantal genen, terwijl GWAS is gebaseerd op het testen van het volledige genoom. Daarom vereist de benadering van kandidaatgenen voorkennis van genen die relevant zijn voor de ziekte, in tegenstelling tot GWAS.
Wat is kandidaat-gen?
Kandidaat-genbenadering is een van de technieken die de associatie onderzoekt tussen genetische variatie binnen vooraf gespecificeerde genen van belang en fenotypes of ziektetoestanden. In deze benadering is het noodzakelijk om voorkennis te hebben van de biologische functionele impact van het gen op de eigenschap of ziekte in kwestie. Op basis van deze kennis wordt een klein aantal genen geselecteerd en geanalyseerd op genetische variatie.
Figuur 01: Kandidaat-genbenadering
Selectie van de genen wordt gemaakt op basis van de biologische, fysiologische en functionele relevantie voor de ziekte in kwestie in deze benadering. Deze benadering is vaak ontworpen als een case-control studie.
Wat is GWAS?
GWAS staat voor Genome-Wide Association Study. Het verwijst ook naar associatiestudies over het hele genoom. Deze studies richten zich vooral op observationele studies. Ze analyseren de genetische varianten van verschillende individuen die gewoonlijk worden geassocieerd met een specifieke eigenschap. Het hele genoom is belangrijk voor GWAS-analyse.
GWAS is een belangrijk hulpmiddel bij de analyse van polymorfismen van één nucleotide die verband houden met verschillende ziektetoestanden. Het is een vergelijkende studie van de verschillende single-nucleotide polymorfismen in een brede populatie. De onderzoekssteekproef van GWAS is erg hoog; daarom heeft het ook het formaat van een cross-sectioneel cohortonderzoek.
Figuur 02: GWAS
De eerste GWAS-studie vond plaats met betrekking tot myocardinfarct en analyse van de genen geassocieerd met myocardinfarct. Op dit moment speelt GWAS een belangrijke rol bij het bepalen van de genetische achtergrond van complexe ziekten met onbekende etiologie.
Wat zijn de overeenkomsten tussen kandidaat-gen en GWAS?
- Zowel de kandidaat-genbenadering als GWAS zijn technieken die de genetische associatie tussen genotype en fenotype van de ziekte analyseren.
- Beide benaderingen helpen om de genetische basis van vatbaarheid voor ziekten te begrijpen.
Wat is het verschil tussen kandidaat-gen en GWAS?
Kandidaatgenbenadering is gebaseerd op de kandidaatgenen of vooraf gespecificeerde genen, terwijl GWAS is gebaseerd op het volledige genoom. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen kandidaatgen en GWAS. Bij de benadering van kandidaatgenen is de selectie van genen ook noodzakelijk, terwijl dit niet nodig is in GWAS.
Bovendien vereist de benadering van kandidaatgenen voorkennis over de genen die relevant zijn voor de ziekte, terwijl dit niet nodig is voor GWAS.
De onderstaande infographic biedt een meer gedetailleerde vergelijking met betrekking tot het verschil tussen kandidaat-gen en GWAS.
Samenvatting – Kandidaat-gen vs GWAS
Kandidaatgen en GWAS zijn twee genassociatieonderzoeken. Kandidaat-genbenadering richt zich op de genetische variatie geassocieerd met de ziekte binnen een klein aantal vooraf gespecificeerde genen. Daarentegen onderzoekt GWAS de genetische variatie die samenhangt met de ziekte binnen het gehele genoom. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen kandidaatgen en GWAS. Beide methoden zijn belangrijk om de genetische basis van vatbaarheid voor ziekten te begrijpen.
