Belangrijk verschil – Sonde vs Primer
De moleculaire probe is een klein DNA- of RNA-fragment dat de complementaire sequenties in DNA of RNA herkent en identificatie van de doelsequentie mogelijk maakt. Primer is een klein stukje DNA of RNA dat dient als startpunt voor DNA-synthese. Primers en probes hybridiseren met de complementaire nucleotiden van het matrijs-DNA of het doelwit-DNA. Het belangrijkste verschil tussen probe en primer is echter dat primers nodig zijn voor DNA-replicatie, terwijl probes nodig zijn voor de detectie van specifieke sequenties in het DNA-monster.
Wat is een sonde?
Probe is een klein fragment van DNA of RNA dat wordt gebruikt om het doel-DNA of -RNA in het monster te detecteren door middel van moleculaire hybridisatie. Ze worden ook wel moleculaire markers genoemd. De lengte van de probe kan variëren (100 tot 1000 basen) en probenucleotiden zijn complementair aan het deel van de doelsequentie. Voor het gemak van detectie worden sondes gelabeld met radioactieve isotopen of met fluorescerende kleurstoffen of antilichamen. Probes binden met de complementaire basen van de doelsequentie en onthullen de aanwezigheid van het doel-DNA of -RNA in het monster. Er zijn twee hoofdmethoden voor het labelen van probes: end-labeling en nick-translatie. Probes worden onderverdeeld in verschillende typen, waaronder DNA-probes, RNA-probes, cDNa-probes en synthetische oligonucleotiden-probes, en ze worden bereid met behulp van verschillende technieken.
Probes zijn belangrijke hulpmiddelen op veel microbiële en moleculaire gebieden, zoals virologie, forensische pathologie, vaderschapstesten, DNA-fingerprinting, detectie van genetische ziekten, RFLP, moleculaire cytogenetica, in situ hybridisatie, enz.
Figuur 01: Fluorescerend gelabelde sonde gebruikt in FISH voor detectie van pathogenen
Wat is een Primer?
Primer is een kort DNA- of RNA-fragment dat dient als initiator voor DNA-synthese. DNA-polymerase-enzym voegt nucleotiden toe aan de 3'-OH-groep van de primersequentie en synthetiseert de nieuwe streng die complementair is aan het matrijs-DNA. Primers zijn zeer korte fragmenten met een lengte van 18 tot 20 nucleotiden. Ze worden chemisch gesynthetiseerd in het laboratorium voor in vitro DNA-amplificatie (PCR). Primers kunnen elke volgorde van nucleotiden hebben, aangezien ze door de gebruiker zijn ontworpen. Ze worden gesynthetiseerd om te matchen met de complementaire basen van het matrijs-DNA. Daarom kan het elke sequentie van nucleotiden hebben. Primers zijn van het grootste belang voor DNA-replicatie, omdat DNA-polymerase geen nieuw DNA kan synthetiseren zonder een reeds bestaand stuk DNA. Bij het ontwerpen van de primers voor PCR moet met de volgende zaken rekening worden gehouden:
- Primers moeten de complementaire nucleotiden bevatten aan het flankerende uiteinde van het DNA dat wil amplificeren.
- Primers moeten een smelttemperatuur hebben tussen 55 – 65 0C
- G- en C-geh alte moet tussen 50 en 60% zijn.
Twee primers worden in PCR gebruikt als voorwaartse en achterwaartse om beide strengen van het monster-DNA te repliceren. Primers worden vaak gebruikt om PCR- en DNA-sequencing uit te voeren.
Figuur 02: Uitgloeien van primer in PCR
Wat is het verschil tussen sonde en primer?
Probe vs Primer |
|
| Probe is een klein fragment van DNA/RNA dat wordt gebruikt om de aanwezigheid van de doelsequentie in een monster te detecteren door middel van moleculaire hybridisatie. | Primer is een klein stukje DNA of RNA dat dient als startpunt voor DNA-replicatie. |
| Functie | |
| Dit detecteert de aanwezigheid van een specifieke sequentie in het DNA- of RNA-monster. | Dit fungeert als startpunt voor DNA-synthese. |
| Lengte | |
| Lengte kan tussen 100 en 1000 basen liggen | Lengte is over het algemeen ongeveer 18 – 20 basen |
| Binden met complementaire reeks | |
| Probe hybridiseert met de complementaire basen van de doelsequentie | Primer anneals met de complementaire basen van de DNA-strengen. |
| Etikettering | |
| Probes zijn gelabeld voor gemakkelijke detectie | Primers zijn over het algemeen niet gelabeld |
| Gebruik in PCR | |
| Probes worden niet gebruikt in PCR | Primers worden gebruikt in PCR |
Samenvatting – Sonde vs Primer
Probe is een klein fragment van een DNA- of RNA-sequentie die kan worden gehybridiseerd met complementaire nucleotiden om een doelwitsequentie in het monster te detecteren. Probes worden radioactief, immunologisch of fluorescent gelabeld om de aanwezigheid van de doelsequentie te zien. Primer is een zeer klein DNA- of RNA-fragment dat fungeert als startpunt voor in vitro DNA-amplificatie. DNA-polymerase identificeert de 3'-OH-groepprimer en initieert de bouw van een nieuwe streng die complementair is aan de sjabloon. Probes en primers werken op dezelfde manier door te hybridiseren met complementaire nucleotiden. Het belangrijkste verschil tussen probe en primer is dus hun belangrijkste functie.
