Het belangrijkste verschil tussen primer en promoter is dat primer een commercieel gesynthetiseerde korte DNA-sequentie is die in PCR wordt gebruikt voor amplificatie van een doelwit-DNA-sequentie, terwijl promoter een specifieke DNA-sequentie is die een veilige initiële bindingsplaats voor RNA biedt polymerase en transcriptiefactoren om transcriptie te initiëren.
Primer en promotor zijn twee soorten DNA-sequenties. Primer is een klein stukje DNA dat nodig is voor de polymerasekettingreactie (PCR). Het heeft korte nucleotidesequenties die complementair zijn aan het flankerende uiteinde van de DNA-streng. Er zijn twee soorten primers en ze werken als startpunten voor de synthese van nieuwe DNA-strengen. Daarentegen is een promotor een specifieke DNA-sequentie die stroomopwaarts van de transcriptie-initiatieplaats van een gen is gelokaliseerd. Het interageert direct met de componenten van het transcriptiemechanisme, zoals RNA-polymerase en transcriptiefactoren, om de DNA-transcriptie te controleren. Daarom binden RNA-polymerase en andere transcriptiefactoren aan de promotorsequentie en initiëren ze de transcriptie.
Wat is een Primer?
Primers zijn korte DNA-sequenties die zijn ontworpen voor de amplificatie van doelwit-DNA-sequenties. Structureel bezitten ze korte nucleotidesequenties die complementair zijn aan de flankerende uiteinden van de dubbele DNA-strengen. Ze zijn meestal ongeveer 20 nucleotiden lang. Tijdens de PCR katalyseert Taq-polymerase de toevoeging van nucleotiden aan de reeds bestaande nucleotidesequentie. Daarom dienen primers als startpunten voor de synthese van nieuwe strengen. Taq-polymerase werkt alleen in de richting van 5' naar 3'. Daarom vindt DNA-synthese ook plaats in dezelfde 5 'naar 3'-richting. Omdat DNA dubbelstrengs is, zijn er bij PCR twee soorten primers nodig. Ze staan bekend als de forward primer en reverse primer, gebaseerd op de richting van de verlenging van de primer tijdens de DNA-synthese.
Figuur 01: Primers
Forward primer gloeit met antisense DNA-streng en initieert de synthese van + streng van het gen in 5' naar 3' richting. Het heeft een korte nucleotidesequentie die complementair is aan het 3'-flankerende uiteinde van de antisense-streng. Reverse primer versmelt met de sense-streng en initieert de synthese van een complementaire streng van de coderende streng, dat is - een streng van het gen in de 5'naar 3'-richting. De reverse primer is dus complementair aan het 3'-uiteinde van de coderende streng ontworpen. Zowel reverse- als forward-primers zijn belangrijk voor de productie van miljoenen tot miljarden kopieën van bepaalde DNA-gebieden die het doelwit of geïnteresseerd zijn.
Wat is een promotor?
De promotor is een DNA-sequentie die zich stroomopwaarts of aan het 5'-uiteinde van de transcriptie-initiatieplaats van een gen bevindt. Het biedt een bindingsplaats voor RNA-polymerase en bepaalde regulerende elementen om de transcriptie van het gen te initiëren. Het is een regulerende sequentie die nodig is om een gen aan of uit te zetten. Er is een specifieke nucleotidesequentie in de promotor. Het kan 100-1000 basenparen hebben. Promotor toont de richting van transcriptie. Bovendien geeft het de sense streng aan die moet worden getranscribeerd.
Figuur 02: Promotor van een gen
Er zijn drie soorten promotorelementen als kernpromotor, proximale promotor en distale promotor. De kernpromotor is het minimale deel van de promotor dat nodig is om transcriptie te initiëren. Het bevindt zich het meest proximaal van het startcodon. TATA-box is een geconserveerd gebied dat in veel eukaryote kernpromoters wordt aangetroffen. Het wordt gevonden 25 tot 35 basenparen stroomopwaarts van de transcriptiestartplaats. De proximale promotor bevindt zich meer stroomopwaarts van de kernpromotor. Over het algemeen bevindt het zich 250 basenparen stroomopwaarts van het startcodon en bevat het primaire regulerende elementen. De distale promotor bevindt zich stroomopwaarts van de proximale promotor en bevat aanvullende regulerende elementen. Bacteriële promotors hebben twee korte sequentie-elementen in hun promotors. TATAAT is de consensussequentie die zich op -10 van de bacteriële promotor bevindt, terwijl TTGACA de consensussequentie is op -35. Ze staan bekend als -10 element en -35 element.
Wat zijn de overeenkomsten tussen primer en promotor?
- Primer en promotor zijn twee soorten DNA-sequenties.
- Ze bestaan uit nucleotidesequenties.
- Zowel de primer als de promotor zijn belangrijk voor genexpressie.
Wat is het verschil tussen primer en promotor?
Primer is een korte nucleotidesequentie die is ontworpen voor de amplificatie van doelwit-DNA. Daarentegen is de promotor een specifieke regulerende DNA-sequentie die stroomopwaarts van de transcriptie-initiatieplaats van een gen wordt gevonden. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen primer en promotor. Primers zijn ongeveer 20 basenparen lang, terwijl de promotor 100-1000 basenparen kan hebben. Functioneel dienen primers als startsequenties voor de synthese van de nieuwe streng, terwijl promotors de gentranscriptie regelen door bindingsplaatsen voor RNA-polymerase en andere transcriptiefactoren te verschaffen.
Bovendien wordt een promotor gedefinieerd als de richting van de transcriptie en geeft deze de sense-streng van een gen aan. Structureel is primer een korte, enkelstrengs DNA-sequentie, terwijl promotor een lange dubbelstrengs DNA-sequentie is.
De onderstaande infografiek geeft meer vergelijkingen weer met betrekking tot het verschil tussen primer en promotor.
Samenvatting – Primer vs Promotor
Primers zijn korte nucleotidesequenties die complementair zijn aan de flankerende uiteinden van de dubbelstrengs doelwit-DNA. Bij PCR worden twee soorten primers gebruikt. Ze dienen als startsequenties voor de synthese van nieuwe strengen. Primers zijn commercieel ontworpen en het zijn temperatuurstabiele sequenties. Aan de andere kant is de promotor een regulerende sequentie van een gen dat stroomopwaarts van de transcriptie-initiatieplaats is gelokaliseerd. Promotors regelen de transcriptie van genen. Ze bieden bindingsplaatsen voor RNA-polymerase en transcriptiefactoren om transcriptie te initiëren. Dit is dus de samenvatting van het verschil tussen primer en promotor.
