Belangrijk verschil – Exome vs Transcriptome
Een gen bevat coderende en niet-coderende gebieden erin. Coderende sequenties staan bekend als exons en niet-coderende sequenties staan bekend als introns. De nucleotidesequentie van de exons van een gen vertegenwoordigt de genetische code van het gen om het specifieke eiwit te synthetiseren. Daarom blijven exons in het mRNA-molecuul. Het totale exongebied van het genoom staat bekend als exoom en is een belangrijk onderdeel van het genoom. De genetische code van de genen wordt omgezet in de genetische code van het mRNA-molecuul, dat nodig is voor de aanmaak van eiwitten. De volledige mRNA-moleculen die tegelijkertijd in een cel of een celpopulatie worden getranscribeerd, staan bekend als een transcriptoom. Het belangrijkste verschil tussen exoom en transcriptoom is dat exoom de sequenties van de exongebieden van het genoom vertegenwoordigt, terwijl transcriptoom het totale mRNA van een cel of een weefsel op een bepaald moment vertegenwoordigt.
Wat is Exome?
Genen zijn samengesteld uit exons, introns en regulerende sequenties. Exons zijn de gengebieden die tijdens de transcriptie in mRNA-sequentie worden getranscribeerd. Introns en andere niet-coderende gebieden worden tijdens de transcriptie verwijderd. De nucleotidesequentie van exons bepa alt de genetische code van het gen dat het specifieke eiwit synthetiseert dat het codeert. Alleen exons blijven binnen mRNA van een eiwit. De verzameling exons in het genoom staat bekend als exoom van een organisme. Het vertegenwoordigt een deel van het genoom dat wordt uitgedrukt in genen. Bij mensen is exoom 1% van het genoom. Het is het eiwitcoderende deel van het menselijk genoom.
Figuur 01: Exome
Wat is Transcriptome?
Het transcriptoom is de verzameling van alle eiwitcoderende en niet-coderende transcripten (RNA's) in een bepaald weefsel. Transcriptoom vertegenwoordigt de verzameling totale mRNA-moleculen die tot expressie worden gebracht door de genen in een cel of een weefsel. Het transcriptoom van een cel kan worden gevarieerd met het transcriptoom van een ander celtype. Het transcriptoom is ook dynamisch - het verandert met de tijd als reactie op zowel interne als externe stimuli. Zelfs binnen hetzelfde weefsel of binnen hetzelfde celtype kan het transcriptoom na enkele minuten veranderen.
Transcriptoom verschilt van het exoom van een organisme. Transcriptoom omvat alleen de tot expressie gebrachte exoomsequenties. Hoewel het exoom van een cel hetzelfde blijft, verschilt het transcriptoom tussen cellen, omdat genexpressie niet voor alle cellen of weefsels hetzelfde is. Alleen essentiële genen komen tot expressie in verschillende cellen en weefsels. Genexpressie is een weefsel- of celtype specifiek proces. Het wordt gereguleerd door verschillende factoren, waaronder omgevingsfactoren. Daarom kan transcriptoom variëren met externe omgevingsomstandigheden.
Transcriptome wordt gebruikt als een voorloper voor proteomics-onderzoeken. Alle eiwitten zijn afgeleid van mRNA-sequenties. Translationele modificaties kunnen leiden tot veranderingen in eiwitten. Het transcriptoom biedt echter belangrijke basisinformatie voor de proteomische studies.
Figuur 02: Transcriptoom van embryonale stamcellen
Wat is het verschil tussen Exome en Transcriptome?
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome is de verzameling eiwitcoderende regio's van de genen. | Transcriptome is de verzameling van al het getranscribeerde RNA, inclusief mRNA. |
| Voorbeeld | |
| Exome wordt bestudeerd met behulp van DNA-monsters. | Transcriptoom wordt bestudeerd met behulp van een RNA-monster. |
| Studiemethode | |
| Volledige exome-sequencing is de methode om exome te bestuderen. | RNA-sequencing is de methode om transcriptoom te bestuderen. |
Samenvatting – Exome vs Transcriptome
Exons zijn de coderende sequenties van de genen en bepalen de mRNA-sequenties van de eiwitten. De verzameling van deze coderende sequenties (exons) staat bekend als exoom van een organisme. Genen worden getranscribeerd in mRNA-moleculen voordat eiwitten worden gemaakt. De totale mRNA-moleculen van een cel of een weefsel op een bepaald moment staan bekend als transcriptoom. Transcriptoom vertegenwoordigt de genen die op een bepaald moment actief tot expressie worden gebracht in mRNA. Transcriptoom is cel- en weefselspecifiek en beïnvloedt de omgevingsomstandigheden. Dit is het verschil tussen exoom en transcriptoom.
