Belangrijk verschil – Exome vs RNA-sequencing
Nucleïnezuursequencing is de techniek die de volgorde van nucleotiden in een bepaald fragment van DNA of RNA van een organisme bepa alt. Sequentiebepaling is belangrijk bij het identificeren van de DNA- en RNA-samenstelling van de cel en het onderscheiden van bepaalde genen die coderen voor functionele eiwitten; sequencing kan dus worden gebruikt om de mutaties van deze genen en genexpressies te begrijpen. Sanger Sequencing-methode of de meer geavanceerde Sequencing-methoden van de volgende generatie zijn de sequencing-methoden die vaak worden gebruikt. Exome-sequencing is de sequencing van de volledige set exons of coderende DNA-regio's die aanwezig zijn in een organisme, terwijl RNA-sequencing de sequencing-procedure is van ribonucleïnezuren (RNA). Dit is het belangrijkste verschil tussen exoom- en RNA-sequencing.
Wat is Exome Sequencing?
Exome is een subset van het genoom die bestaat uit de coderende genen van een bepaald organisme. Coderende genen worden exons genoemd en worden getranscribeerd in mRNA en vervolgens vertaald in aminozuursequenties. Tijdens post-transcriptiemodificaties verwijdert het RNA-splitsingsmechanisme in eukaryoten de introns (niet-coderende gebieden) en blijven de exons over. Er zijn twee hoofdtechnieken waarbij exome-sequencing wordt uitgevoerd: op oplossing gebaseerd en op array gebaseerd.
Bij op oplossing gebaseerde exome-sequencing worden DNA-monsters gefragmenteerd met behulp van restrictie-enzymen of een mechanische methode en gedenatureerd door warmte. Bij deze techniek worden gebiotinyleerde oligonucleotideprobes (lokaas) gebruikt om selectief te hybridiseren met doelgebieden in het genoom. Magnetische streptavidineparels worden gebruikt voor de bindingsstap. Binding wordt gevolgd door een wasstap waarbij de ongebonden en niet-gerichte sequenties worden weggewassen. De gebonden doelen worden vervolgens geamplificeerd met behulp van Polymerase Chain reaction (PCR) en vervolgens wordt de sequentie bepaald met behulp van Sanger-sequencing of Next Generation Sequencing-technieken.
Figuur 01: Exome Sequencing
Array-gebaseerde methode is ook vergelijkbaar met de oplossingsgebaseerde methode, behalve dat DNA-fragmenten worden gevangen in een micro-array, en dan volgen de bindings- en wasstappen voordat de sequentie wordt bepaald.
Exome-sequencing wordt in veel toepassingen gebruikt, zoals genetische diagnose van ziekten, bij gentherapie, bij het identificeren van nieuwe genetische markers, in de landbouw om verschillende gunstige agronomische eigenschappen te identificeren en bij plantenveredelingsprocedures.
Wat is RNA-sequencing?
RNA-sequencing is gebaseerd op het transcriptoom, de volledige transcripten van de cel. De belangrijkste doelen van RNA-sequencing zijn het catalogiseren van alle soorten van het transcript, inclusief mRNA, niet-coderend RNA en klein RNA, om de transcriptionele structuur van genen te bepalen en om de expressieniveaus van elk transcript tijdens de ontwikkeling te kwantificeren. Tijdens RNA-sequencing werden aanvankelijk hybridisatietechnologieën (die complementair DNA waren afgeleid van rijpe mRNA-sequenties) gebruikt voor sequencing. Momenteel wordt een nauwkeurigere en geavanceerdere doorvoertechniek gebruikt voor RNA-sequencing.
Figuur 02: RNA-sequencing
Bij RNA-sequencing wordt een monster van RNA, dat totaal RNA of gefractioneerd RNA kan zijn, met behulp van reverse transcriptie omgezet in het complementaire DNA (cDNA) ervan, en wordt een cDNA-bibliotheek bereid. Elk cDNA-fragment is aan beide kanten (pair end sequencing) of aan één kant (single end sequencing) aan adapters bevestigd. Deze getagde sequenties worden gesequenced met behulp van Sanger-sequencing of de volgende generatie, zoals exome-sequencing.
Wat zijn de overeenkomsten tussen exoom- en RNA-sequencing?
- Korte geselecteerde fragmenten of de hele set DNA / RNA kunnen worden gebruikt voor Exome- of RNA-sequencing.
- Gesequeneerde fragmenten worden bewaard in bibliotheken.
- Sanger-sequencing of Next Generation-sequencing kan worden gebruikt.
- Beide zijn in vitro sequencing-methoden.
- Gesequeneerde fragmenten kunnen worden bepaald door fluorescerende tags.
Wat is het verschil tussen Exome- en RNA-sequencing?
Exome vs RNA-sequencing |
|
| Exome-sequencing is het sequencen van de volledige set van exons of coderende DNA-regio's die aanwezig zijn in een organisme. | RNA-sequencing verwijst naar de sequencing-procedure van ribonucleïnezuren (RNA); het transcriptoom. |
| Sample starten | |
| Genomisch DNA is het startmonster van exome-sequencing. | RNA is het startmonster van RNA-sequencing. |
| Compositie | |
| Dit bevat alleen coderende gebieden van het totale DNA dat bekend staat als Exons | Dit bevat RNA-mRNA / transcriptoom. |
| Sequencing | |
| Er zijn twee hoofdmethoden voor exome-sequencing; op oplossingen gebaseerde en op array gebaseerde technologieën. | RNA-sequencing wordt gedaan via de bereiding van een cDNA-bibliotheek door het totale RNA of gefragmenteerd RNA te extraheren. |
Samenvatting – Exome vs RNA-sequencing
Exome is de complete set coderende regio's van een organisme en de technieken die betrokken zijn bij het bepalen van de exacte nucleotidevolgorde van Exome staan bekend als exome-sequencing. RNA-sequencing is de techniek die betrokken is bij de bepaling van de nucleotidevolgorde van het RNA van een organisme. Dit is het verschil tussen exoom- en RNA-sequencing.
Download PDF-versie van Exome vs RNA Sequencing
U kunt de PDF-versie van dit artikel downloaden en gebruiken voor offline doeleinden volgens de citatienota. Download hier de PDF-versie. Verschil tussen Exome en RNA-sequencing
