Belangrijk verschil - Gel stapelen versus gel scheiden
De termen stapelgel en scheidingsgel worden gebruikt om de SDS-PAGE-techniek uit te leggen. SDS-PAGE of natriumdodecylsulfaat-polyacrylamidegelelektroforese is een laboratoriumtechniek die wordt gebruikt om eiwitmoleculen te scheiden op basis van hun molecuulgewicht. De theorie achter de techniek is dat eiwitten met verschillende molecuulgewichten verschillende migratiesnelheden laten zien; moleculen met een laag molecuulgewicht migreren sneller, terwijl moleculen met een hoog molecuulgewicht langzaam migreren. Het medium voor migratie is een gel. Er zijn twee soorten gels genaamd stapelgel en scheidingsgel. Het belangrijkste verschil tussen stapelgel en scheidingsgel is dat de pH van de stapelgel 6,8 is, terwijl de pH van de scheidingsgel 8,8 is.
Wat is Stacking Gel?
Stacking gel is een laaggeconcentreerde polyacrylamidegel die in SDS-PAGE-techniek bovenop een meer geconcentreerde oplossende gel (scheidingsgel) wordt geplaatst. De stapelgel wordt gebruikt om de resolutie van elektroforese te verbeteren. De resolutie neemt toe vanwege het verschil tussen concentraties stapelgel en oplossende gel die effect hebben op de eiwitten in het monster. Omdat de concentratie van polyacrylamide in stapelgel laag is, is de poriegrootte groter. Dit helpt ook bij het vergroten van de scheiding.
De stapelgel is een losse polyacrylamidegel met grote poriën van ongeveer 7% polyacrylamide. Deze poriën fungeren niet als een aanzienlijke barrière voor grote eiwitmoleculen. Vandaar dat deze gel de mobiliteit van die eiwitten enigszins beïnvloedt. Dit maakt scheiding volgens de mobiliteit en grootte van eiwit door ze te concentreren tussen twee gels.
Figuur 01: SDS-PAGE Acrylamide Gel
De pH van de stapelgel is 6,8. De pH is zuurder dan die van het oplossen van gel met 2 pH-eenheden. Deze pH impliceert een lagere ionsterkte en dus een hogere elektrische weerstand. Dit veroorzaakt de mobiliteit van eiwitten dan andere geladen deeltjes die in de gel aanwezig zijn.
Wat is scheidingsgel?
Scheidingsgel of oplossende gel van een SDS-PAGEtechnique is een sterk geconcentreerde polyacrylamidegel die bovenop een laag geconcentreerde stapelgel wordt geplaatst. De scheidingsgel bevat een hoog geh alte aan polyacrylamide (10%). De pH van deze gel wordt gehandhaafd als pH=8,8, wat een hogere pH-waarde is dan die van de stapelgel.
Figuur 02: Een apparaat voor gelelektroforese
Wanneer de eiwitmoleculen de scheidingsgel bereiken, wordt de migratie van die moleculen vertraagd omdat de scheidingsgel een gel met een hoge concentratie is met een kleine poriegrootte die kan fungeren als een aanzienlijke barrière voor de beweging van de eiwitmoleculen. Door deze vertraging kunnen de andere eiwitten langzaam migreren om in te halen, wat resulteert in een smalle, geconcentreerde band tussen de twee gels.
Wat is de relatie tussen stapelgel en scheidingsgel?
Zowel stapelgel als scheidingsgel worden in hetzelfde apparaat gebruikt
Wat is het verschil tussen stapelgel en scheidingsgel?
Stapelgel versus scheidingsgel |
|
| Stapelgel is een laaggeconcentreerde polyacrylamidegel die bovenop een meer geconcentreerde oplossende gel (scheidingsgel) wordt geplaatst in SDS-PAGE-techniek. | Scheidingsgel of oplossende gel van een SDS-PAGE-techniek is een sterk geconcentreerde polyacrylamidegel die bovenop een laag geconcentreerde stapelgel wordt geplaatst. |
| Plaatsing | |
| Stapelgel wordt op de oplossende (scheidings)gel geplaatst. | Scheidingsgel wordt op de bodem van de container geplaatst die wordt gebruikt voor gelelektroforese. |
| Concentratie | |
| De concentratie van stapelgel is hoog. | De concentratie scheidingsgel is laag. |
| Polyacrylamide Inhoud | |
| Stapelgel bevat ongeveer 7% polyacrylamide. | Scheidingsgel bevat ongeveer 10% polyacrylamide. |
| pH | |
| De pH van de stapelgel is 6,8. | De pH van de scheidingsgel is 8,8. |
| Poriegrootte | |
| Grote poriegroottes zijn aanwezig in stapelgel. | Kleine poriegroottes zijn aanwezig in de scheidingsgel. |
| Resolutie | |
| Stapelgel geeft een betere resolutie. | Scheidingsgel geeft een slechte resolutie. |
Samenvatting – Gel stapelen versus gel scheiden
Stapelgel en scheidingsgel zijn twee soorten polyacrylamidegels die worden gebruikt om een betere scheiding van eiwitmoleculen in een bepaald monster te krijgen. Het verschil tussen stapelgel en scheidingsgel is dat de pH van de stapelgel 6,8 is, terwijl de pH van de scheidingsgel 8,8 is.
