Belangrijk verschil - Voorwaartse versus omgekeerde primer
Polymerasekettingreactie (PCR) is een DNA-amplificatiemethode die wordt gebruikt in moleculaire biologische toepassingen. Het is een veelgebruikte techniek die miljoenen tot miljarden kopieën maakt van een bijzonder geïnteresseerde DNA-sequentie. Het is een in vitro methode die in laboratoria wordt uitgevoerd. De PCR-techniek is volledig afhankelijk van het commercieel geproduceerde DNA-polymerase dat Taq-polymerase wordt genoemd. En het vereist ook verschillende andere componenten en goed temperatuurbehoud. Een belangrijk onderdeel zijn primers. Primers zijn de korte DNA-sequenties die specifiek zijn ontworpen voor de doel-DNA-sequentie. Ze zijn meestal ongeveer 20 nucleotiden lang. Taq-polymerase katalyseert het toevoegen van nucleotiden aan reeds bestaande nucleotidesequenties. Daarom dienen primers als startpunten voor de synthese van nieuwe strengen. Taq-polymerase werkt alleen in de 5'-naar 3'-richting, vandaar dat de DNA-synthese plaatsvindt in dezelfde 5'-naar 3'-richting. Omdat DNA dubbelstrengs is, zijn er bij PCR twee soorten primers nodig. Ze staan bekend als forward primer en reverse primer. Voorwaartse en achterwaartse primers worden genoemd op basis van de richting van de verlenging van de primer in DNA wanneer DNA-synthese plaatsvindt. Voorwaartse primer gloeit met de antisense DNA-streng en initieert de synthese van de +ve-streng van het gen in de 5'-naar 3'-richting. Reverse primer versmelt met de sense-streng en initieert de synthese van de complementaire streng van de coderende streng; dat is -ve de streng van het gen in de 5'naar 3'-richting. Dit is het belangrijkste verschil tussen voorwaartse en achterwaartse primers.
Wat is een Forward Primer?
Voorwaartse oriëntatie is de synthese van de coderende streng of de sense-streng van een gen. Taq-polymerase katalyseert de synthese van een nieuwe streng in de richting van 5' naar 3'. De synthese van de coderende streng vindt plaats wanneer de primer versmelt met de niet-coderende of de antisense-streng en verlengt in de richting van 5' naar 3'.
Figuur 01: Voorwaartse en achterwaartse primers
De primer die versmelt met de antisense-streng of de niet-coderende streng of de matrijsstreng staat bekend als voorwaartse primer, aangezien de voorwaartse primer fungeert als een startpunt voor de synthese van de coderende of de positieve streng van het gen. Forward primer heeft een korte nucleotidesequentie die complementair is aan het 3'-flankerende uiteinde van de antisense-streng. Het hybridiseert met de antisense-streng en faciliteert de Taq-polymerase om nucleotiden toe te voegen die complementair zijn aan de matrijsstreng.
Wat is een Reverse Primer?
Reverse primer is de korte DNA-sequentie die versmelt met het 3'-uiteinde van de sense-streng of de coderende streng. Reverse primer dient als het startpunt voor het synthetiseren van een complementaire streng van de coderende sequentie of de niet-coderende sequentie. Reverse primer is complementair aan het 3'-uiteinde van de coderende streng ontworpen. Daarom anne alt het met het flankerende 3'-uiteinde van de coderende streng en stelt Taq-polymerase in staat om de antisense-streng of de sjabloonstreng te synthetiseren. Omdat de oriëntatie op een omgekeerde manier is, wordt deze primer aangeduid als omgekeerde primer.
Zowel reverse- als forward-primers zijn belangrijk voor de productie van miljoenen tot miljarden kopieën van bepaalde DNA-gebieden die het doelwit of geïnteresseerd zijn.
Wat zijn de overeenkomsten tussen voorwaartse en achterwaartse primer?
- Zowel voorwaartse als achterwaartse primers zijn gemaakt van oligonucleotiden.
- Zowel voorwaartse als achterwaartse primers hebben een korte nucleotidesequentie die complementair is aan de flankerende uiteinden van de dubbele DNA-strengen.
- Zowel voorwaartse als achterwaartse primers bestaan gewoonlijk uit 20 nucleotiden.
- Zowel voorwaartse als achterwaartse primers worden gebruikt bij polymerasekettingreacties.
- Zowel voorwaartse als achterwaartse primers worden commercieel gesynthetiseerd.
- Zowel voorwaartse als achterwaartse primers zijn temperatuurstabiel en hebben normaal gesproken een vergelijkbare Tm.
- Zowel voorwaartse als achterwaartse primers worden geanneald met de doel-DNA-sequenties.
- Zowel voorwaartse als achterwaartse primers zijn ontworpen volgens de PCR-reacties.
- Zowel Forward als Reverse Primers dienen als uitgangspunt voor de DNA-amplificatie.
- Zowel reverse als forward primers zijn belangrijk voor de productie van miljoen kopieën van bepaalde regio's van gerichte of geïnteresseerde DNA-sequenties.
Wat is het verschil tussen voorwaartse en achterwaartse primer?
Forward Primer vs Reverse Primer |
|
| Forward-primer is de korte DNA-sequentie die hybridiseert met het 3'-uiteinde van de niet-coderende of de matrijsstreng van het gen en dient als het startpunt om de coderende sequentie te synthetiseren. | Reverse primer is de korte DNA-sequentie die hybridiseert met het 3'-uiteinde van de coderende of de niet-template-streng en dient als het startpunt om de niet-coderende sequentie te synthetiseren. |
| Gloeidraad | |
| Forward primer gloeit met sjabloonstreng. | Reverse primer gloeit met de niet-template streng. |
| Resulterende nieuwe reeks | |
| Forward primer vergemakkelijkt de synthese van de coderende sequentie. | Reverse primer vergemakkelijkt de synthese van de niet-coderende sequentie. |
Samenvatting – Vooruit versus achteruit Primer
Er zijn twee soorten primers betrokken bij de PCR-techniek. Het zijn voorwaartse en achterwaartse primers. Op basis van de verlenging van de primer bij de synthese van nieuwe DNA-strengen, worden deze primers gelabeld of benoemd. Taq-polymerase synthetiseert het nieuwe DNA in 5'-naar 3'-oriëntatie. Daarom zijn primers ontworpen als complementair aan 3'-uiteinden van de dubbele strengen. Voorwaartse primer die verlengt in 5'-naar 3'-richting hybridiseert met het 3'-uiteinde van de antisense of de matrijs of de niet-coderende sequentie. Het dient als het startpunt om de coderende sequentie te synthetiseren. Reverse-primer die verlengt in de richting van 5' naar 3', hybridiseert met het 3'-uiteinde van de codering of de niet-sjabloon of de sense-streng. Het dient als het startpunt om de niet-coderende sequentie te synthetiseren. Dit is het verschil tussen voorwaartse en achterwaartse primer.
