Het belangrijkste verschil tussen FISH en CGH is dat FISH een moleculaire techniek is die specifieke DNA-sequenties op een chromosoom detecteert met behulp van fluorescent gelabelde sondes, terwijl CGH een andere moleculaire cytogenetische techniek is die veranderingen in het genomische DNA detecteert.
Cytogenetische analyse speelt een belangrijke rol in de geneeskunde bij het detecteren van chromosomale afwijkingen zoals aneuploïdieën, deleties, duplicaties en herschikkingen, enz. Chromosomale afwijkingen leiden uiteindelijk tot genetische ziekten zoals kanker, onvruchtbaarheid, het syndroom van Down, Klinefelter-syndroom, Turner syndroom, leukemie, enz. Er zijn verschillende moleculaire cytogenetische methoden om bovengenoemde defecten en ziekten op te sporen. Onder hen zijn FISH (fluorescerende in situ hybridisatie) en CGH (vergelijkende genomische hybridisatie) twee krachtige hybridisatietechnieken. Beide methoden hebben echter voor- en nadelen.
Wat is VIS?
FISH is een nucleïnezuurhybridisatietechniek die wordt uitgevoerd op een deel of sectie van weefsel, in het gehele weefsel of cellen. Het is een op sonde gebaseerde methode. De techniek is afhankelijk van de theorie van complementaire basenparing van Watson Crick, resulterend in DNA-DNA-hybriden of DNA-RNA-hybriden, die dus gemuteerde genen kunnen detecteren of het gen van belang kunnen identificeren. Verder maakt deze techniek gebruik van enkelstrengs DNA-sequenties, dubbelstrengs DNA-sequenties, enkelstrengs RNA-sequenties of synthetische oligonucleotiden die zijn bereid met gebruikmaking van nick-translatie als probes die complementair zijn aan gensequenties van belang. Bovendien is het belangrijkste kenmerk van deze techniek het labelen van probes met fluorescentiekleurstoffen. De sondes binden dus met de complementaire delen van het chromosoom en maken het gemakkelijk voor detectie.
Bovendien is FISH een zeer gevoelige en specifieke methode. Daarom is het een veelgebruikte techniek bij zowel onderzoek als diagnose van hematologische maligniteiten en solide tumoren. Maar FISH toont een lage resolutie. Het vereist ook voorkennis van de doelafwijking om probesequenties te ontwerpen.
Figuur 01: VIS
FISH heeft veel toepassingen, voornamelijk in de moleculaire diagnostiek van infectieziekten om de aanwezigheid van ziekteverwekkers te identificeren en de ziekteverwekker te bevestigen via moleculaire diagnostiek. Bovendien is FISH een veelgebruikte techniek op het gebied van ontwikkelingsbiologie, karyotypering en fylogenetische analyse en het fysiek in kaart brengen van chromosomen.
Wat is CGH?
Vergelijkende genomische hybridisatie (CGH) is een andere op DNA gebaseerde moleculaire cytogenetische techniek die de veranderingen van genomische DNA-sequenties kan detecteren. De methode is een geavanceerde methode die chromosoom- en genmodificaties kan analyseren om de veranderingen of wijzigingen in de genomische DNA-sequenties te detecteren. Verder vereist CGH de isolatie en fragmentatie van DNA uit het experimentele monster en referentiemonster. Vervolgens moeten de monsters worden geëtiketteerd met twee verschillende fluorescerende kleurstoffen (meestal rood en groen). Later worden beide monsters gemengd en toegestaan voor competitieve hybridisatie. De laatste stap is de analyse van de monsters op wijzigingen in het DNA, zoals genduplicatie, genverlies, enz. Het meet vooral de verschillen in het aantal DNA-kopieën tussen het testmonster en het controlemonster.
Figuur 02: CGH
Er is nu een andere versie van CGH beschikbaar; het is een meer geavanceerde methode dan de normale CGH. Het is een techniek die array-based CGH of aCGH wordt genoemd. aCGH maakt de nauwkeurige identificatie van gen- of sequentiedeleties in vele duizenden sequenties in één enkel experiment mogelijk.
Wat zijn de overeenkomsten tussen FISH en CGH?
- FISH en CGH zijn twee moleculaire technieken.
- Zowel FISH als CGH vertrouwen op nucleïnezuurhybridisatie.
- Bovendien hebben beide technieken ontworpen sondes nodig om specifieke DNA-doelen te detecteren.
- We gebruiken ze voor pre‐natale en post‐natale diagnose van genetische ziekten.
- Bovendien zijn zowel FISH als CGH zeer krachtige hulpmiddelen om genomische veranderingen te bestuderen.
- Ze gebruiken fluorescerende kleurstoffen om sondes te labelen.
Wat is het verschil tussen VIS en CGH?
FISH is een in situ hybridisatieprocedure die fluorescerende probes gebruikt om specifieke DNA-sequenties te detecteren, terwijl CGH een moleculaire hybridisatietechniek is die de veranderingen van genomische DNA-sequenties detecteert. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen FISH en CGH.
Bovendien vereist FISH voorkennis van de doelafwijking om probesequenties te ontwerpen, terwijl CGH geen voorkennis vereist. Een ander verschil tussen FISH en CGH is dat FISH een beperkte resolutie laat zien, terwijl aCGH een hoge resolutie laat zien.
De onderstaande infographic vat het verschil tussen FISH en CGH samen.
Samenvatting – FISH vs CGH
FISH en CGH zijn twee moleculaire cytogenetische technieken die de detectie van gensequenties van belang vergemakkelijken. FISH vergemakkelijkt de detectie van specifieke DNA-sequenties op een chromosoom met behulp van fluorescent gelabelde sondes, terwijl CGH de detectie van veranderingen in het genomische DNA vergemakkelijkt. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen FISH en CGH.
