Het belangrijkste verschil tussen CGH en array-CGH is dat CGH een traditionele moleculaire cytogenetische methode is voor het analyseren van variatie in kopieaantal in DNA van een testmonster met een lagere resolutie, terwijl array CGH een volledig geautomatiseerde moleculaire cytogenetische methode is voor het analyseren van variatie in kopienummers in DNA van een testmonster met een hogere resolutie.
CGH en array CGH zijn twee technieken om variaties in het aantal kopieën bij individuen te detecteren. Variatie in kopienummer verwijst naar de delen van het genoom die worden herhaald. Het aantal kopieën verschilt van persoon tot persoon. Variatie in kopienummers wordt over het algemeen onderverdeeld in twee groepen: korte herhalingen en lange herhalingen. Een van de meest bekende voorbeelden voor een variatie in een klein aantal kopieën is de herhaling van het CAG-trinucleotide in het huntingtine-gen. Dit veroorzaakt een neurologische aandoening die huntingtine wordt genoemd. Het beste voorbeeld van variatie in kopieaantal bij lange herhalingen is het alfa-amylasegen, dat insulineresistentie veroorzaakt. Variatie in kopienummers kan worden gedetecteerd met technieken zoals FISH, CGH en array CGH.
Wat is CGH?
CGH is een traditionele moleculaire cytogenetische methode voor het analyseren van variatie in kopieaantal in DNA van een testmonster in vergelijking met een referentiemonster. Het heeft een lagere resolutie in vergelijking met geautomatiseerde technieken. Het doel van deze techniek is om snel en efficiënt twee genomische DNA-monsters te vergelijken die afkomstig zijn uit verschillende bronnen.
Figuur 01: CGH
De procedure omvat de isolatie van DNA uit twee bronnen: test en referentie. Dan is de volgende stap het onafhankelijk labelen van test- en referentie-DNA-monsters met fluoroforen van verschillende kleuren. Later werden de twee DNA-monsters gedenatureerd om de enkelstrengs DNA-monsters te krijgen. Ten slotte werd de hybridisatie van de twee resulterende DNA-monsters in een 1:1 verhouding tot een normale metafasespreiding van chromosomen uitgevoerd. De chromosomale verschillen tussen de twee bronnen kunnen worden geïdentificeerd met behulp van een fluorescentiemicroscoop en computersoftware. Bovendien kan de CGH-techniek alleen ongebalanceerde chromosomale afwijkingen detecteren.
Wat is Array CGH?
Array CGH is een volledig geautomatiseerde moleculaire cytogenetische methode voor het analyseren van variatie in het aantal kopieën in het DNA van een testmonster in vergelijking met een referentiemonster. Het heeft een hogere resolutie en is ontwikkeld om de beperkingen van traditionele CGH te minimaliseren. Array CGH combineert de principes van CGH met het gebruik van microarrays. In plaats van het verspreiden van metafasechromosomen, gebruikt deze methode dia's die zijn gerangschikt met kleine DNA-segmenten als doelwitten. Deze microarrays werden gemaakt door een kleine hoeveelheid DNA (probes) op een vaste glazen drager af te zetten en te immobiliseren. De grootte van de probes kan variëren van oligonucleotide tot een bacterieel kunstmatig chromosoom.
Figuur 02: Array CGH
Ongeacht de probes, de basismethode van array CGH is vergelijkbaar met CGH. Zodra sondes met microarray zijn bereid, worden de twee DNA-monsters (test en referentie) die zijn gelabeld met fluoroforen van verschillende kleuren met elkaar gemengd en aan de microarray toegevoegd. Aangezien het DNA in de monsters enkelstrengs is als gevolg van denaturatie, hybridiseert dit DNA met in een array geplaatste enkelstrengs sondes. Met behulp van een digitaal beeldvormingssysteem is het mogelijk om de chromosomale verschillen tussen de twee bronnen te identificeren.
Wat zijn de overeenkomsten tussen CGH en array-CGH?
- CGH en array CGH zijn twee technieken om variaties in kopienummers te detecteren.
- Het zijn moleculaire cytogenetische methoden.
- Beide methoden diagnosticeren ongebalanceerde chromosomale afwijkingen.
- Fluorforen zijn bij beide methoden betrokken.
- Beide methoden kunnen worden gebruikt om genetische aandoeningen op te sporen als gevolg van variaties in kopienummers.
- Ze worden veel gebruikt in vergelijkende genomische analyse.
Wat is het verschil tussen CGH en array-CGH?
CGH is een traditionele moleculaire cytogenetische methode voor het analyseren van variatie in kopieaantal in DNA van een testmonster met een lagere resolutie, terwijl array CGH een volledig geautomatiseerde moleculaire cytogenetische methode is voor het analyseren van variatie in kopieaantal in DNA van een testmonster die een hogere resolutie heeft. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen CGH en array CGH. Bovendien hybridiseren in CGH test- en referentie-DNA-monsters met een normale metafasespreiding van chromosomen, maar in array CGH hybridiseren test- en referentie-DNA-monsters met de geïmmobiliseerde DNA-probes die microarray bevatten.
De onderstaande infographic geeft een overzicht van de verschillen tussen CGH en array-CGH in tabelvorm voor vergelijking naast elkaar.
Samenvatting – CGH vs Array CGH
CGH en array CGH zijn twee moleculaire cytogenetische technieken om ongebalanceerde chromosomale afwijkingen te detecteren. Ze worden veel gebruikt in vergelijkende genomische analyse. CGH is een traditionele moleculaire cytogenetische methode voor het analyseren van variatie in het aantal kopieën in DNA van een testmonster met een lagere resolutie. Daarentegen is array CGH een volledig geautomatiseerde moleculaire cytogenetische methode voor het analyseren van variatie in het aantal kopieën in DNA van een testmonster met een hogere resolutie. Dit vat dus het verschil samen tussen CGH en array CGH.
