Het belangrijkste verschil tussen radioactieve en niet-radioactieve sondes is dat radioactieve sondes enkelstrengs DNA- of RNA-sequenties zijn die zijn gelabeld met radioactieve isotopen, terwijl niet-radioactieve sondes enkelstrengs DNA- of RNA-sequenties zijn die zijn gelabeld met een chemische tag of een fluorescerende tag.
Nucleïnezuurhybridisatie is een belangrijke techniek in de moleculaire biologie, vooral bij microbiële diagnose. Het helpt bij het identificeren of detecteren van een bepaalde nucleïnezuursequentie. Bij deze techniek worden nucleïnezuren gefixeerd op een vast oppervlak en gehybridiseerd met een probe. Een probe is een fragment van DNA of RNA dat complementair is aan een sequentie van belang. Als de doelsequentie in het monster aanwezig is, zal de probe ermee hybridiseren en detecteerbaar maken. Er zijn twee soorten sondes als radioactieve en niet-radioactieve sondes. Daarom kunnen we de sondes labelen met een radioactief label of een fluorescerend label.
Wat zijn radioactieve sondes?
Radioactieve probes zijn de enkelstrengs DNA- of RNA-fragmenten met een radioactieve tag. Radio-isotopen worden gebruikt bij het maken van radioactieve sondes. Radio-isotopen 32P, 33P en 35S worden vaak gebruikt bij het labelen van sondes. Bovendien worden radio-isotopen 3H en 1251 ook in mindere mate gebruikt bij het labelen van probes. Maar ze worden gebruikt voor specifieke toepassingen. Van de verschillende radio-isotopen is 32P de meest gebruikte isotoop bij het labelen van radioactieve sondes.
Radioactieve sondes bieden een hogere mate van betrouwbaarheid en specificiteit. Daarom bieden ze maximale gevoeligheid en maken ze nauwkeurige kwantificering van doelsequenties mogelijk. Er zijn echter verschillende nadelen verbonden aan radioactieve sondes. Ze hebben een korte halfwaardetijd. Bovendien zijn ze gevaarlijk en zijn productie, gebruik en verwijdering problematisch bij het hanteren. Bovendien is de voorbereiding van radioactieve sondes een kostbaar proces. Daarom worden radioactieve sondes tegenwoordig vanwege de veiligheidsproblemen en de kosten niet gebruikt als niet-radioactieve sondes.
Wat zijn niet-radioactieve sondes?
Niet-radioactieve sondes zijn het tweede type sondes dat chemisch gelabeld is. Digoxigenine is een niet-radioactieve sonde, een op antilichamen gebaseerde marker. Digoxigenine-sondes zijn specifiek en gevoelig. Biotine is een ander label dat wordt gebruikt bij de bereiding van niet-radioactieve sondes. Biotine/streptavidine- en digoxigenine/antilichaamdetectiesystemen zijn de meest gebruikte niet-radioactieve probes bij hybridisatie. Bovendien is het mierikswortelperoxidasesysteem een ander niet-radioactief sondesysteem. Als deze niet-radioactieve probes eenmaal zijn gehybridiseerd met de doelsequenties, kunnen ze worden gedetecteerd via autoradiografie of andere beeldvormingstechnieken.
Figuur 01: Hybridisatie met niet-radioactieve sondes
Niet-radioactieve probes worden vaker gebruikt bij nucleïnezuurhybridisatie dan radioactieve probes. Dit komt omdat niet-radioactieve sondes niet worden geassocieerd met gevaarlijke materialen. Bovendien vereisen niet-radioactieve detectiemethoden kortere blootstellingstijden om het hybridisatiesignaal te detecteren. De stappen die betrokken zijn bij DNA-hybridisatie met niet-radioactieve probes zijn echter gewoonlijk vervelend en tijdrovend. Bovendien zijn in de handel verkrijgbare oplossingen duur.
Wat zijn de overeenkomsten tussen radioactieve en niet-radioactieve sondes?
- Radioactieve en niet-radioactieve probes zijn twee soorten probes die worden gebruikt bij nucleïnezuurhybridisatie.
- Ze vergemakkelijken de detectie van doelsequenties in het monster.
- Beide typen sondes zijn even gevoelig en specifiek.
Wat is het verschil tussen radioactieve en niet-radioactieve sondes?
Radioactieve sondes zijn de enkelstrengs DNA- of RNA-sequenties die zijn gelabeld met radioactieve isotopen, terwijl niet-radioactieve sondes de enkelstrengs DNA- of RNA-sequenties zijn die zijn gelabeld met een chemisch label. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen radioactieve en niet-radioactieve sondes. Ook zijn radioactieve isotopen gevaarlijk. Daarom zijn radioactieve sondes aanzienlijk gevaarlijk, terwijl niet-radioactieve sondes niet gevaarlijk zijn.
Bovendien is een ander verschil tussen radioactieve en niet-radioactieve sondes hun nadelen. Korte halfwaardetijden en de gevaren die gepaard gaan met de productie, het gebruik en de verwijdering ervan zijn de nadelen van het gebruik van radioactieve sondes. Aan de andere kant zijn de stappen die betrokken zijn bij DNA-hybridisatie met niet-radioactieve sondes gewoonlijk vervelend en tijdrovend.
Hieronder infographic toont meer vergelijkingen met betrekking tot het verschil tussen radioactieve en niet-radioactieve sondes.
Samenvatting – Radioactieve versus niet-radioactieve sondes
Een sonde is een fragment van DNA of RNA dat een nucleotidesequentie bevat die complementair is aan de van belang zijnde sequentie. Om de doelsequentie te detecteren, kunnen de probes radioactief, fluorescent of chemisch worden gemerkt. Probes binden met complementaire sequenties in het monster. Radioactieve probes worden gelabeld met radioactieve isotopen, terwijl niet-radioactieve probes worden gelabeld met biotine, digoxigenine of mierikswortelperoxidase. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen radioactieve en niet-radioactieve sondes.
