Het belangrijkste verschil tussen DNA- en RNA-probes is dat DNA-probes DNA-fragmenten zijn die complementair zijn aan doel-nucleotidesequenties, terwijl RNA-probes stukken enkelstrengs RNA zijn die complementaire nucleïnezuursequenties van doelsequenties zijn.
Een sonde is een kunstmatig gesynthetiseerde korte sequentie van DNA of RNA die radioactief of met niet-radioactieve moleculen kan worden gelabeld. Het kan een lengte hebben van 100 tot 1000 basen. Probes zijn bruikbaar bij het detecteren van doelnucleotidesequenties die complementair zijn aan de sequentie van de probe. Zodra ze zijn toegevoegd, worden probes gehybridiseerd met de complementaire sequenties of de doelwitsequenties en maken ze het zichtbaar om de doelwitsequenties te identificeren aangezien het radioactiviteit draagt. Sondes zijn belangrijke moleculaire hulpmiddelen voor op veel microbiële en moleculaire gebieden, zoals detectie van genetische ziekten, in virologie, in forensische pathologie, bij vaderschapstesten, bij DNA-fingerprinting, RFLP, moleculaire cytogenetica, in situ hybridisatie, enz.
Wat zijn DNA-sondes?
DNA-probes zijn enkelstrengs stukken DNA. Ze kunnen worden gebruikt om de aanwezigheid van complementaire nucleïnezuursequenties (doelwitsequenties) te detecteren door hybridisatie. Zodra een DNA-probe is gehybridiseerd met zijn complementaire sequentie, vormt deze een dubbelstrengs hybride. Om ze te detecteren, worden DNA-probes over het algemeen gelabeld met radio-isotopen, biotine, epitopen of fluoroforen. De met biotine gelabelde DNA-probes kunnen met een aantal enzymatische en chemische methoden worden gedetecteerd met streptavidine-gelabelde alkalische fosfatase.
Figuur 01: DNA-sonde
De nucleotidesequentie van de DNA-probe is bekend. Het zijn korte sequenties met een lengte van 100 tot 1000 basenparen. Lange DNA-probes kunnen worden gegenereerd door middel van recombinant-DNA-technologie. Ze kunnen ook worden gegenereerd door PCR en klonen. In klinische microbiologische laboratoria zijn DNA-sondes direct beschikbaar voor de snelle diagnose van infectieziekten.
Wat zijn RNA-sondes?
RNA-probes zijn enkelstrengs stukken RNA. Het zijn complementaire sequenties voor doelsequenties in het monster. Ze worden gewoonlijk gesynthetiseerd met de RNA-polymerasen van bacteriofagen SP6, T7 of T3 door in vitro transcriptie van DNA. Lange RNA-probes kunnen worden gegenereerd door in vitro transcriptie van gelineariseerd plasmide-DNA. In het algemeen binden RNA-probes sterk en hechter aan hun complementaire sequenties dan DNA-probes. Net als bij DNA-probes kunnen RNA-probes ook worden gelabeld terwijl ze worden getranscribeerd.
Wat zijn de overeenkomsten tussen DNA- en RNA-sondes?
- Zowel DNA- als RNA-probes zijn enkelstrengs nucleotidesequenties.
- Beide zijn kunstmatig ontworpen en gesynthetiseerd.
- Bovendien kunnen ze worden gelabeld met radio-isotopen, epitopen, biotine of fluoroforen.
- Ze hebben een sterke affiniteit voor een specifieke DNA- of RNA-doelsequentie.
- Ze worden gebruikt in verschillende blotting- en in situ-hybridisatietechnieken voor de detectie van doelnucleïnezuursequenties.
- Beide typen probes kunnen worden gehybridiseerd met hun complementaire sequenties.
- Ze worden ook gebruikt bij de identificatie van micro-organismen en de diagnose van infectieuze, erfelijke en andere ziekten.
Wat is het verschil tussen DNA- en RNA-sondes?
DNA-probe is een kort stuk DNA dat complementair is aan de doelsequentie. Aan de andere kant is de RNA-probe een kort enkelstrengs stuk RNA dat complementair is aan de doelsequentie. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen DNA- en RNA-sondes. Verder bevatten DNA-probes A, T, C en G, terwijl RNA-probes A, U, C en G bevatten.
Bovendien is een ander verschil tussen DNA- en RNA-sondes hun thermodynamische stabiliteit. RNA-sondes vertonen een grotere thermodynamische stabiliteit in vergelijking met DNA-sondes.
De onderstaande infographic geeft een overzicht van de belangrijke verschillen tussen DNA- en RNA-sondes.
Samenvatting – DNA versus RNA-sondes
Een sonde is een klein fragment van DNA of RNA dat wordt gebruikt om de aanwezigheid van een specifieke sequentie in het DNA- of RNA-monster te detecteren door middel van moleculaire hybridisatie. DNA-probes zijn korte enkelstrengs DNA-fragmenten, terwijl RNA-probes korte enkelstrengs RNA-sequenties zijn. Het zijn bekende sequenties. Thermodynamische stabiliteit is groter in RNA-probes dan in DNA-probes. RNA-probes binden stevig aan hun complementaire sequenties dan DNA-probes binden. Dit vat dus het verschil tussen DNA- en RNA-probes samen.
