Het belangrijkste verschil tussen geconserveerde en consensussequentie is dat geconserveerde sequentie verwijst naar vergelijkbare sequenties van nucleïnezuren of aminozuren die in verschillende of dezelfde soorten voorkomen over generaties, terwijl consensussequentie een veel voorkomende nucleotidesequentie of gevonden aminozuursequentie is in een sterk geconserveerd gebied van DNA of RNA of eiwit.
Organismen hebben zowel vergelijkbare als verschillende kenmerken. Bij het bestuderen van de relaties tussen organismen en het classificeren ervan, is het genoom of de genetische samenstelling van organismen erg belangrijk. Er zijn enkele nucleotide- of aminozuursequenties die veel voorkomen bij verschillende organismen. Een geconserveerde sequentie is een nucleïnezuur- of aminozuursequentie die consistent is tussen soorten. Daarom zijn ze fylogenetisch belangrijk bij het genereren van fylogenetische bomen. In geconserveerde sequenties zijn er specifieke nucleotidesequenties die vaker worden gevonden. Ze staan bekend als consensussequenties.
Wat is een geconserveerde reeks?
Een geconserveerde sequentie is een nucleïnezuursequentie of aminozuursequentie die vergelijkbaar is tussen soorten. Daarom is het gedurende de hele evolutie consistent voor alle soorten. Over het algemeen worden deze sequenties in stand gehouden door natuurlijke selectie. Ze blijven onveranderd tot ver terug in de fylogenetische boom. Daarom zijn geconserveerde sequenties belangrijk bij het construeren van fylogenetische bomen. Aangenomen wordt dat sterk geconserveerde sequenties vaak een belangrijke functionele waarde hebben. Ze zijn ook nuttig bij het identificeren van genetische ziekten. Geconserveerde sequenties kunnen echter coderende of niet-coderende nucleïnezuursequenties zijn. Bovendien vertonen geconserveerde sequenties lagere mutatiesnelheden. Daarom vertonen ze zeer minimale veranderingen in hun samenstelling; soms laten ze geen veranderingen zien over de generaties heen.
Figuur 01: Bewaarde reeks
RNA-componenten van ribosomen zijn aanwezig in alle domeinen van het leven, de homeobox-sequenties in eukaryoten en het tmRNA in bacteriën zijn verschillende voorbeelden van sterk geconserveerde sequenties. Identificatie van geconserveerde sequenties is gemakkelijk wanneer bioinformatica-benaderingen, met name de sequentie-uitlijningstool, worden gebruikt. Bovendien vergemakkelijkt de uitlijning van meerdere sequenties de visualisatie van geconserveerde sequenties.
Wat is consensusvolgorde?
Een consensussequentie is een sequentie die gewoonlijk wordt aangetroffen in een bepaald geconserveerd gebied van DNA of RNA. Het is een zeer specifieke nucleotidesequentie. Als voorbeeld is er een consensussequentie op de -10 als TATAAT (Pribnow-box) in E. coli-promotors, die sterk geconserveerde sequenties zijn. Evenzo is er een andere consensussequentie: TTGACA in E. coli-promotors ook op de -35. Consensusreeksen zijn ook bekend als "boxen".
Figuur 02: Consensusvolgorde
Naast DNA en RNA hebben eiwitten ook consensussequenties van aminozuren. Eiwitbindingsplaatsen worden vaak weergegeven door consensussequenties. Restrictie-enzymen hebben ook consensussequenties. Bovendien zijn splitsingsplaatsen ook consensussequenties. Net als bij geconserveerde sequenties, kunnen consensussequenties worden berekend en gevisualiseerd door bioinformatica-tools.
Wat zijn de overeenkomsten tussen geconserveerde en consensussequentie?
- Bewaarde en consensussequenties zijn nucleïnezuur- of aminozuursequenties die bij alle soorten voorkomen.
- Zowel geconserveerde als consensussequenties kunnen worden gevisualiseerd door bioinformatica-tools.
- Ze worden veel gebruikt in de moleculaire biologie.
Wat is het verschil tussen geconserveerde en consensusvolgorde?
De geconserveerde sequentie is een nucleïnezuur- of aminozuursequentie die consistent is tussen soorten, terwijl consensussequenties zeer specifiek zijn en vaak worden aangetroffen in een bepaald geconserveerd gebied. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen geconserveerde en consensussequentie. Bovendien is een ander verschil tussen geconserveerde en consensussequentie dat de geconserveerde sequenties fylogenetisch belangrijk zijn, terwijl consensussequenties vaak eiwitbindingsplaatsen, splitsingsplaatsen, snijplaatsen voor restrictie-enzymen, enz.
Samenvatting – Geconserveerde versus consensusreeks
Bewaarde sequenties zijn de sequenties van nucleïnezuren of eiwitten die vergelijkbaar zijn tussen levende soorten. Een promotor, ribosoombindingsplaats, een oorsprong van replicatie en aminozuursequentie van histoneiwit zijn verschillende voorbeelden van geconserveerde sequenties. Daarentegen zijn consensussequenties specifieke basen of aminozuren die vaker worden aangetroffen in een bepaalde geconserveerde sequentie. -10 box, -35 box van E. coli-promoter, eiwitbindingsplaatsen, splitsingsplaatsen en restrictie-enzymen die plaatsen herkennen zijn verschillende voorbeelden van consensussequenties. Dit is dus de samenvatting van het verschil tussen geconserveerde en consensussequentie.
