Het belangrijkste verschil tussen moleculair koppelen en scoren is dat koppelen een techniek is die wordt gebruikt om de bindingsaffiniteit tussen twee moleculen te bepalen, terwijl scoren een proces is waarbij een bepaalde pose wordt geëvalueerd door het aantal gunstige intermoleculaire interacties te tellen.
De termen moleculaire docking en scoren worden gebruikt op het gebied van moleculaire modellering. Moleculaire modellering is een techniek die wordt gebruikt om de mogelijke rangschikkingen van verschillende moleculen in een bepaalde stof te bepalen. Deze techniek is belangrijk bij het creëren van nieuwe stabiele verbindingen.
Wat is Molecular Docking?
Molecular docking is een computationele simulatie van een kandidaat-ligand die aan een receptor bindt. Deze methode voorspelt de voorkeursoriëntatie van het ene molecuul op het andere molecuul wanneer aan elkaar gebonden om een stabiel complex te vormen. De met deze techniek verkregen resultaten kunnen worden gebruikt om de sterkte van associatie of bindingsaffiniteit tussen twee moleculen te voorspellen. Hier is ook de moleculaire scorefunctie van belang.
Figuur 01: Een eenvoudig diagram dat het proces van moleculaire interacties in biologische systemen toont
Over het algemeen houdt deze techniek rekening met de biologisch relevante moleculen zoals eiwitten, peptiden, nucleïnezuren, koolhydraten en lipiden. Deze moleculen zijn erg belangrijk en spelen een belangrijke rol in signa altransductiemechanismen in ons lichaam. Daarom beïnvloedt de oriëntatie van de twee moleculen die gaan binden voor dit signa altransductieproces het type signaal dat hier wordt geproduceerd. Dat betekent; moleculaire koppeling is belangrijk bij het bepalen van zowel de sterkte als het type signaal dat wordt geproduceerd tijdens signa altransductie in biologische systemen.
Bovendien zijn moleculaire koppeltechnieken belangrijk bij het ontwerpen van op structuur gebaseerde medicijnen. Dat komt door de voorspelbaarheid van de bindingsconformatie van kleine moleculen zoals liganden aan een geschikte bindingsplaats.
Wat is moleculaire score?
Moleculaire score is een soort wiskundige functie die nuttig is bij het evalueren van de voortgang van moleculaire koppeling. Op het gebied van computationele chemie worden scorefuncties gebruikt voor het voorspellen van de bindingsaffiniteit tussen twee moleculen na het dockingproces. Als we bijvoorbeeld een klein molecuul van een deeltjesgeneesmiddel hebben en er is een biologisch doelwit zoals een eiwit, kunnen we de affiniteit van het geneesmiddel voor de bindingsplaats evalueren. Bovendien kan de moleculaire score worden gebruikt om de intermoleculaire interacties tussen twee eiwitten of tussen een eiwit en DNA-moleculen te voorspellen.
Figuur 02: Scorefunctie in het kort
De belangrijkste toepassing van moleculaire scoring is in de ontwerpprocessen van geneesmiddelen, bijvoorbeeld virtuele screening, de novo-ontwerp, leadoptimalisatie, enz.
Wat is het verschil tussen moleculair docken en scoren?
Moleculair koppelen en scoren zijn belangrijk bij moleculaire modellering. Het belangrijkste verschil tussen moleculair koppelen en scoren is dat koppelen een techniek is die wordt gebruikt om de bindingsaffiniteit tussen twee moleculen te bepalen, terwijl scoren een proces is waarbij een bepaalde pose wordt geëvalueerd door het aantal gunstige intermoleculaire interacties te tellen.
De volgende infographic vat het verschil tussen moleculair docking en scoring samen.
Samenvatting – Moleculair koppelen versus scoren
Moleculair koppelen en scoren zijn belangrijk bij moleculaire modellering. Het belangrijkste verschil tussen moleculair koppelen en scoren is dat koppelen een techniek is die wordt gebruikt om de bindingsaffiniteit tussen twee moleculen te bepalen, terwijl scoren een proces is waarbij een bepaalde pose wordt geëvalueerd door het aantal gunstige intermoleculaire interacties te tellen.
