Het belangrijkste verschil tussen linker en adapter is dat een linker geen samenhangende uiteinden heeft, terwijl een adapter één samenhangend uiteinde heeft.
DNA-ligatie is het proces waarbij twee DNA-moleculen aan elkaar worden verbonden, waardoor fosfodiesterbindingen worden gevormd. Het enzym DNA-ligase katalyseert deze reactie. Het is een van de cruciale stappen in moderne moleculair-biologische gebieden zoals recombinant-DNA-technologie en DNA-klonering. De ligatie-efficiëntie hangt af van de uiteinden van de te binden DNA-moleculen. Er zijn twee soorten DNA-uiteinden als kleverige uiteinden en stompe uiteinden. De ligatie-efficiëntie is hoog bij kleverige uiteinden dan bij stompe uiteinden. Als de doel-DNA-moleculen stompe uiteinden hebben, zullen moleculen die adapters of linkers worden genoemd, nuttig zijn. Adapters en linkers zijn chemisch gesynthetiseerde oligonucleotide-moleculen die helpen bij DNA-ligatie. Ze hebben ook interne restrictiesites. Adapter heeft een kleverig uiteinde en een stomp uiteinde, terwijl de linker twee stompe uiteinden heeft.
Wat is een Linker?
Linker is een chemisch gesynthetiseerde oligonucleotidesequentie die dubbelstrengs is. Linker heeft twee stompe uiteinden. Linker wordt gebruikt om DNA-moleculen met stompe uiteinden te ligeren aan vectoren. Het bevat een of meer interne restrictiesites. Deze restrictieplaatsen werken als herkenningsplaatsen voor restrictie-enzymen.
Figuur 01: Linker
Na ligatie wordt DNA opnieuw beperkt met restrictie-enzymen om samenhangende uiteinden te produceren. EcoRI-linkers en sal-I-linkers zijn veelgebruikte linkers.
Wat is een adapter?
Een adapter is een dubbelstrengs oligonucleotidesequentie die wordt gebruikt om twee DNA-moleculen aan elkaar te koppelen. Het is een korte reeks met een stomp uiteinde en een plakkerig of samenhangend uiteinde. Daarom bestaat het aan één uiteinde uit een enkelstrengs staart, wat de efficiëntie van DNA-ligatie verbetert.
Figuur 02: DNA-ligatie door een adapter
Bovendien heeft de adapter interne restrictieplaatsen. Daarom kan DNA na ligatie worden beperkt met geschikte restrictie-enzymen om een nieuwe uitstekende terminus te creëren. Een nadeel van adapters is dat twee adapters dimmers kunnen vormen door base-pairing met zichzelf. Dit kan worden voorkomen door ze te behandelen met het enzym alkalische fosfatase.
Wat zijn de overeenkomsten tussen Linker en Adapter?
- Zowel linker als adapter zijn dubbelstrengs korte oligonucleotidesequenties.
- Ze hebben interne restrictiesites.
- Bovendien zijn het chemisch gesynthetiseerde DNA-moleculen en zijn het synthetische moleculen.
- Ze kunnen twee DNA-moleculen aan elkaar koppelen.
- Na ligatie van linkers en adapters wordt het DNA opnieuw beperkt met restrictie-enzymen om plakkerige uiteinden te produceren.
Wat is het verschil tussen Linker en Adapter?
Een linker is een chemisch gesynthetiseerde korte oligonucleotide-duplex met twee stompe uiteinden. Een adapter is een chemisch gesynthetiseerde korte oligonucleotide-duplex met één kleverig uiteinde en één stomp uiteinde. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen linker en adapter. Bovendien kunnen adapters dimeren vormen, terwijl linkers geen dimeren vormen. Dit is dus een ander significant verschil tussen linker en adapter.
Hieronder vindt u een samenvatting van de verschillen tussen linker en adapter in tabelvorm.
Samenvatting – Linker vs Adapter
Linker en adapter zijn twee soorten chemisch gesynthetiseerde oligonucleotiden die nuttig zijn bij het ligeren van bot-end DNA. Linker heeft twee stompe uiteinden, terwijl de adapter één stomp uiteinde en één samenhangend uiteinde heeft. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen linker en adapter. Het zijn dubbelstrengs moleculen met interne restrictieplaatsen. Ze worden veel gebruikt in recombinant-DNA-technologie en DNA-klonering.
