Belangrijk verschil – SDS-pagina versus native pagina
SDS en native page zijn twee soorten polyacrylamidegelelektroforesetechnieken die worden gebruikt in de moleculaire biologie. Het belangrijkste verschil tussen SDS Page en Native Page is het type polyacrylamidegel dat wordt gebruikt. In SDS Page wordt een denaturerende gel gebruikt, daarom worden moleculen gescheiden op basis van hun molecuulgewicht. In Native Page daarentegen worden niet-denaturerende gels gebruikt. Daarom worden moleculen gescheiden op basis van hun grootte, lading en vorm.
Polyacrylamidegelelektroforese (pagina) gebruikt een gel die is gemaakt door acrylamidemonomeren te polymeriseren met methyleenbisacrylamide. Het polyacrylamide is taaier en hittebestendiger dan agarose. De polyacrylamidegels hebben een kleinere poriegrootte die een efficiënte scheiding van eiwitten mogelijk maakt. Er zijn twee hoofdtypen pagina-instellingen, namelijk SDS-pagina en native pagina. SDS Page of natriumdodecylsulfaat Polyacrylamidegelelektroforese scheidt eiwitten op basis van hun molecuulgewicht. Denaturerende gels worden gebruikt in SDS Page. Native Page gebruikt niet-denaturerende gels en scheidt eiwitten op basis van hun grootte, lading en de vorm (3D-conformatie).
Wat is een SDS-pagina?
SDS Page is de meest gebruikelijke elektroforetische techniek die wordt gebruikt om eiwitten te scheiden op basis van hun molecuulgewicht. De gel wordt gemaakt door toevoeging van SDS (natriumdodecylsulfaat), een wasmiddel. SDS zet eiwitten om in monomeren. SDS is een anionisch reinigingsmiddel. Daarom voegt het een netto negatieve lading toe aan de eiwitten binnen een breed pH-bereik. Wanneer de netto negatieve lading op de eiwitmoleculen wordt verleend, worden door de ladingsvariatie de complexe structuren afgebroken. Vanwege de negatieve lading trekken eiwitten naar het positieve uiteinde. Dus moleculen met een lager molecuulgewicht reizen sneller op de gelmatrix en kunnen dicht bij de anode worden waargenomen, terwijl de eiwitten met een hoger molecuulgewicht dichter bij de putjes worden waargenomen.
Figuur 01: SDS-pagina
De SDS-binding aan de polypeptideketen is evenredig met zijn relatieve molecuulmassa. Daarom kan de molecuulmassa ook worden bepaald via SDS Page. De kleuring van de SDS Page-gels wordt gedaan door broomfenolblauwkleuring. Toepassingen van SDS-pagina's variëren in grotere mate waar het kan worden gebruikt om de relatieve molecuulmassa te schatten en om de relatieve hoeveelheid eiwitten in een eiwitmengsel te bepalen. SDS Page kan ook worden gebruikt om de eiwitverdeling in een mengsel van eiwitten te bepalen. SDS Page wordt ook toegepast om eiwitten te zuiveren en te beoordelen. Het wordt gebruikt als een voorbereidende procedure voor western blotting en hybridisatie, die op zijn beurt wordt gebruikt voor het in kaart brengen en identificeren van eiwitten.
Wat is Native Page?
Native Polyacrylamide-gelelektroforese (Native Page) maakt gebruik van een niet-denaturerende gel. Daarom wordt SDS of enig ander denaturerend middel niet aan de gelmatrix toegevoegd. In Native Page is de scheiding van eiwitten gebaseerd op de lading en de grootte van het eiwit. Daarom hangt de mobiliteit van het eiwit af van de lading en de grootte van het eiwit.
De lading van het eiwit hangt af van de zijketens van de aminozuren. Als de zijketens negatief geladen zijn, krijgt het eiwit een algehele negatieve lading en vice versa. Eiwitten behouden een 3D-conformatie vanwege de vouwing die plaatsvindt. Vouwen is het resultaat van de verschillende soorten bindingen in eiwitten zoals disulfidebindingen, hydrofobe interacties en waterstofbindingen. Daarom, als de natieve Page bij een neutrale pH wordt gedragen, zullen de eiwitten worden gescheiden volgens de moleculaire vorm van het eiwit. Daarom kan Native Page worden gebruikt als een gevoelige techniek om de verandering in lading of conformatie van het eiwit te detecteren.
Het belangrijkste voordeel van native Page is dat het eiwit dat voor de Page-analyse wordt gebruikt, na de Page-analyse in zijn oorspronkelijke staat kan worden teruggewonnen, omdat het eiwit tijdens het proces niet wordt verstoord. Native Page is een techniek met een relatief hoge doorvoer en de stabiliteit van het eiwit wordt verhoogd.
Figuur 02: Native pagina
Na voltooiing van de gelrun kan de Native Page-gel worden bekeken door te kleuren met broomfenolblauw of een ander geschikt kleurreagens. De toepassingen van Native Page omvatten de scheiding van zure eiwitten, waaronder glycoproteïnen zoals humaan recombinant erytropoëtine of de identificatie van eiwitten die aanwezig zijn in Bovine Serum Albumine (BSA).
Wat zijn de overeenkomsten tussen SDS-pagina en native-pagina?
- Zowel SDS Page als Native Page-systemen gebruiken polyacrylamidegel als de matrix van de gel.
- Beide worden gebruikt voor scheiding en identificatie van eiwitten.
- Beiden gebruiken elektroforetische mobiliteit om de verbindingen te scheiden.
- Beide kunnen op een verticale of horizontale manier worden gedaan (meestal gedaan als verticale pagina-instellingen omdat de runlengte langer is).
- Het elektroforese-apparaat inclusief de geltank, kammen, de voeding is vereist voor de werking van beide technieken.
- Het visualiseren van de gel kan in beide technieken worden gedaan door kleurmethoden.
Wat is het verschil tussen SDS-pagina en native-pagina?
SDS-pagina versus native pagina |
|
| SDS Page of Sodium-dodecyl sulfate Page scheidt eiwitten op basis van hun molecuulgewicht en gebruikt een denaturerende gel. | Native Page gebruikt niet-denaturerende gels en scheidt eiwitten op basis van hun grootte, lading en de vorm (3D-conformatie). |
| Soort gel | |
| Er wordt een denaturerende gel gebruikt in de SDS-pagina. | Een niet-denaturerende gel wordt gebruikt in de oorspronkelijke pagina. |
| Aanwezigheid van VIB | |
| SDS is aanwezig als wasmiddel om een negatieve lading te geven aan het monster op de SDS-pagina. | SDS is niet aanwezig op de oorspronkelijke pagina. |
| Scheidingsbasis | |
| Scheiding van eiwitten hangt af van het molecuulgewicht van het eiwit op de SDS-pagina. | Scheiding hangt af van de grootte en vorm van het eiwitmolecuul op de oorspronkelijke pagina. |
| Stabiliteit van het eiwit | |
| Stabiliteit van het eiwit is laag op de SDS-pagina. | Stabiliteit van eiwit is hoog op de oorspronkelijke pagina. |
| Herstel van de originele proteïne | |
| Niet mogelijk omdat het gedenatureerd is op de SDS-pagina. | Mogelijk op de eigen pagina. |
Samenvatting – SDS-pagina versus native pagina
SDS Page en Native Page zijn twee soorten polyacrylamidegelelektroforesetechnieken die worden gebruikt om eiwitten te scheiden. SDS Page is behandeld met een reinigingsmiddel genaamd SDS. SDS geeft een algehele negatieve lading aan het eiwit, wat vervolgens resulteert in de denaturatie van het eiwit. Daarom worden de eiwitten gescheiden op basis van hun molecuulgewicht. De Native Page-techniek daarentegen gebruikt geen denatureringsmiddel. De eiwitten worden dus gescheiden op basis van hun grootte of de vorm. Dit is het verschil tussen SDS-pagina en native pagina.
