Het belangrijkste verschil tussen NGS en WGS is dat next-generation sequencing (NGS) een enorm parallelle tweede-generatie sequencing-technologie is met een hoge doorvoer, lage kosten en snelheid, terwijl whole-genome sequencing (WGS) een uitgebreide methode om het volledige genomische DNA van een cel in één keer te analyseren met behulp van sequencing-technieken zoals Sanger-sequencing, shotgun-benadering of NGS-sequencing met hoge doorvoer.
In de afgelopen decennia is het begrip van het genoom van mensen en andere dieren enorm toegenomen dankzij de ontdekking van snelle sequencing-technieken en bioinformatica-tools. Conventionele sequencing-technieken zoals Sanger-sequencing hadden hun beperkingen, waardoor er nieuwe snelle sequencing-methoden moesten worden ontwikkeld, zoals next-generation sequencing (NGS) en nanopore-sequencing. De whole-genome sequencing (WGS)-techniek is een recente benadering die al in veel genomische onderzoeksprojecten wordt gebruikt, zoals 100.000 genomische projecten van Genomic England, VK. Dus, NGS en WGS zijn twee sequencing-methoden die momenteel worden opgenomen in veel genomische projecten.
Wat is NGS?
NGS (next-generation sequencing) is een massaal parallelle tweede-generatie sequencing-technologie met een hoge doorvoer, lage kosten en snel. Er is geen precieze definitie voor sequencing van de volgende generatie. Maar we kunnen het duidelijk onderscheiden van conventionele op capillair gebaseerde sequencing-technieken. Sequencing van de volgende generatie maakt het mogelijk om in één experiment een DNA-molecuul met een totale grootte van meer dan 1 miljoen basenparen te sequencen. Het biedt ongekende snelheid en hoge doorvoermogelijkheden, zoals het mogelijk maken van DNA-sequenties van meerdere individuen tegelijk. Dit wordt bereikt door het volume van individuele sequentiereacties te miniaturiseren. Bovendien beperkt dit ook de grootte van de instrumenten en minimaliseert de kosten van reagentia per reactie.
Figuur 01: NGS-platforms
NGS is een kort leesbare sequencing-methode die al een revolutie teweeg heeft gebracht in het biologische onderzoeksveld. Verder wordt NGS toegepast op verschillende gebieden zoals de novo genoomsequencing, whole-genome sequencing, transcriptoomanalyse, small RNA en micro RNA sequencing, gerichte resequencing en whole-exome sequencing.
Wat is WGS?
WGS (whole-genome sequencing) is een uitgebreide methode om het volledige genomische DNA van een cel in één keer te analyseren met behulp van sequencing-technieken zoals Sanger-sequencing, shotgun-benadering of NGS-sequencing met hoge doorvoer. Het is ook bekend als volledige genoomsequencing of volledige genoomsequencing. Whole-genome sequencing omvat de sequencing van al het chromosomale DNA van een organisme, evenals DNA in mitochondriën, en voor planten, het DNA in de chloroplast in één keer. Met WGS kunnen wetenschappers de exacte volgorde lezen van alle letters waaruit de complete set DNA bestaat. WGS dat het NGS-platform gebruikt, zal naar verwachting een revolutie teweegbrengen in de klinische opzet.
Figuur 02: WGS vs Hiërarchische Shotgun Sequencing
Whole-genome sequencing werd in 2014 geïntroduceerd in de klinische zorg. Bovendien omvat de toepassing van WGS gensequencing op SNP-niveau om functionele varianten te lokaliseren in associatiestudies, therapeutische interventie in gepersonaliseerde geneeskunde, evolutionaire biologie, vergelijkende genomische analyse, mutaties en herschikkingsstudies, associatiestudies met zeldzame varianten en het voorspellen van ziektegevoeligheid en medicijnrespons.
Wat zijn de overeenkomsten tussen NGS en WGS?
- NGS en WGS zijn twee sequentietechnieken.
- Beide technieken ofwel sequentie DNA ofwel RNA.
- Deze technieken zijn nieuw en betrouwbaar.
- Ze worden beide gebruikt bij het diagnosticeren van ziekten en het ontdekken van medicijnen.
Wat is het verschil tussen NGS en WGS?
NGS is een massaal parallelle sequentietechnologie van de tweede generatie met een hoge doorvoer, lage kosten en snelheid, terwijl WGS een uitgebreide methode is om het volledige genomische DNA van een cel in één keer te analyseren door gebruik te maken van sequentietechnieken zoals zoals Sanger-sequencing, shotgun-aanpak of NGS-sequencing met hoge doorvoer. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen NGS en WGS. Bovendien bestaat NGS alleen uit sequentiemethoden van de tweede generatie, terwijl WGS uit sequentiemethoden van de eerste, tweede en derde generatie bestaat.
De volgende tabel toont de verschillen tussen en NGS en WGS in tabelvorm voor vergelijking naast elkaar.
Samenvatting – NGS vs WGS
In de afgelopen decennia zijn verschillende sequencing-technieken routinematig toegepast in hedendaags moleculair onderzoek. En zelfs het zijn zeer krachtige hulpmiddelen voor veel klinische toepassingen. NGS en WGS zijn twee sequencingmethoden die momenteel in veel genomische projecten worden opgenomen. NGS is een sequencingtechnologie van de tweede generatie met een hoge doorvoer, lage kosten en snelheid. Aan de andere kant is WGS een methode om het volledige genomische DNA of het volledige genomische DNA van een cel in één keer te analyseren met behulp van sequencing-technieken zoals Sanger-sequencing, shotgun-benadering of NGS-sequencing met hoge doorvoer. Dit is dus de samenvatting van het verschil tussen NGS en WGS.
