Het belangrijkste verschil tussen agarose en polyacrylamidegelelektroforese is dat bij agarosegelelektroforese horizontaal gegoten agarosegels worden gebruikt om relatief grotere DNA-fragmenten te scheiden, terwijl polyacrylamidegelelektroforese verticaal gegoten polyacrylamidegels gebruikt om kortere nucleïnezuurfragmenten te scheiden.
Elektroforese is een soort techniek die een elektrisch veld gebruikt dat over een gelmatrix wordt aangelegd om biomoleculen zoals DNA, RNA en eiwitten te scheiden. Deze scheiding van biomoleculen zoals DNA, RNA en eiwitten door middel van elektroforese is gebaseerd op lading en grootte. Monsters worden in de putjes van de gel geladen. Later wordt het elektrische veld over de gel aangelegd. Het veld zorgt ervoor dat negatief geladen moleculen naar de positieve elektrode bewegen. De gelmatrix werkt als een moleculaire zeef waardoor de kleinste moleculen snel passeren of reizen, terwijl grotere moleculen langzaam bewegen. Dit maakt de scheiding van moleculen mogelijk op basis van lading en grootte. Daarom zijn agarose- en polyacrylamidegelelektroforese twee soorten gelelektroforesetechnieken die voornamelijk helpen om moleculen te scheiden op basis van hun grootte en lading.
Wat is agarosegelelektroforese?
Agarosegelelektroforese is een techniek die agarosegels gebruikt om biomoleculen zoals DNA en RNA te scheiden. Het is een techniek die wordt gebruikt om nucleïnezuren voornamelijk op grootte te scheiden. De belangrijkste verbinding genaamd agarose die in deze techniek wordt gebruikt, is een polysacharide. Het komt van zeewier. Agarose kan worden opgelost in kokende buffer en vervolgens in een schaal worden gegoten die horizontaal wordt bewaard. In de bak wordt het stolt als het afkoelt tot een plak. Agarosegels worden gegoten met een kam op zijn plaats om putjes te maken waarin nucleïnezuren zoals DNA of RNA worden geladen zodra de gel is gestold.
Figuur 01: Agarosegelelektroforese
De gel wordt later ondergedompeld in een geschikte buffer en er wordt een stroom over de gel aangelegd. DNA heeft een uniforme negatieve lading die onafhankelijk is van de sequentiesamenstelling van het molecuul. Daarom zullen DNA-moleculen migreren van de kathode (-) naar de anode (+). De snelheid van migratie is direct afhankelijk van de grootte van het molecuul. De grootste macromoleculen hebben de moeilijkste tijd om door de gel te navigeren. Aan de andere kant glippen de kleinere macromoleculen snel en vrij gemakkelijk door de gel.
Wat is polyacrylamidegelelektroforese?
Polyacrylamidegelelektroforese (PAGE) is een techniek die polyacrylamidegels gebruikt om biomoleculen te scheiden. Het is een techniek die veel wordt gebruikt om biologische macromoleculen, meestal eiwitten en nucleïnezuren, te scheiden op basis van hun elektroforetische mobiliteit. De hydratatie van acrylonitril resulteert in de vorming van acrylamidemoleculen door nitrilhydratase. Acrylamide is oplosbaar in water en bij toevoeging van vrije radicaalinitiatoren polymeriseert acrylamide, wat resulteert in de vorming van polyacrylamidegel. Normaal gesproken resulteren verhoogde concentraties van acrylamide in verminderde poriegrootte in de gel. Polyacrylamidegels worden verticaal gegoten, in tegenstelling tot agarosegels.
Figuur 02: Polyacrylamidegelelektroforese
Bij polyacrylamidegelelektroforese kunnen de moleculen in hun oorspronkelijke staat lopen, waarbij de hogere-ordestructuur van moleculen behouden blijft. Deze methode wordt native PAGE genoemd. Als alternatief kan ook een chemisch denatureringsmiddel worden toegevoegd om de structuur van hogere orde te verwijderen en het molecuul in een ongestructureerd molecuul te veranderen waarvan de mobiliteit alleen afhangt van de lengte ervan. Dit type wordt SDS-PAGE genoemd.
Wat zijn de overeenkomsten tussen agarose en polyacrylamidegelelektroforese?
- Agarose- en polyacrylamidegelelektroforese zijn twee soorten gelelektroforesetechnieken.
- In feite zijn het moleculair biologische technieken.
- Beide technieken worden gebruikt om biologische macromoleculen zoals DNA en eiwitten te detecteren.
- Deze technieken worden gedaan door bekwame technici of onderzoekers.
- In beide technieken is de scheiding van macromoleculen gebaseerd op de lading en de grootte.
- Beide technieken maken de scheiding van nucleïnezuren zoals DNA en RNA mogelijk.
Wat is het verschil tussen agarose en polyacrylamidegelelektroforese?
Agarosegelelektroforese is een techniek die horizontaal gegoten agarosegels gebruikt om biomoleculen te scheiden, terwijl polyacrylamidegelelektroforese een techniek is die verticaal gegoten polyacrylamidegels gebruikt om biomoleculen te scheiden. Dit is het belangrijkste verschil tussen agarose en polyacrylamidegelelektroforese. Verder wordt agarosegelelektroforese gebruikt voor de scheiding van DNA en RNA, terwijl polyacrylamidegelelektroforese wordt gebruikt voor de scheiding van nucleïnezuren zoals DNA, RNA of eiwitten.
De volgende tabel geeft een overzicht van het verschil tussen agarose en polyacrylamidegelelektroforese.
Samenvatting – Agarose versus polyacrylamidegelelektroforese
Agarose- en polyacrylamidegelelektroforese zijn twee soorten gelelektroforesetechnieken die worden gebruikt in laboratoria voor moleculaire biologie. Agarosegelelektroforese gebruikt een agarosegel om biomoleculen te scheiden. Agarose is over het algemeen niet giftig voor mensen, terwijl polyacrylamide giftig is voor mensen. Bovendien vertoont agarosegelelektroforese een lage resolutie, terwijl polyacrylamidegelelektroforese een hogere resolutie vertoont. Polyacrylamidegelelektroforese gebruikt een polyacrylamidegel om biomoleculen te scheiden. Dit vat het verschil samen tussen agarose en polyacrylamidegelelektroforese
