Belangrijk verschil - Stroomopwaarts versus stroomafwaarts DNA
Het is belangrijk om algemene kennis te hebben over de samenstelling en structuur van DNA om het verschil tussen stroomopwaarts en stroomafwaarts DNA te begrijpen. DNA is opgebouwd uit polynucleotideketens. Nucleotiden zijn de bouwstenen die polynucleotideketens vormen en elk nucleotide bestaat uit drie componenten: een suiker met vijf koolstofatomen, een stikstofbase en een fosfaatgroep. Een fosfaatgroep en een OH-groep zijn respectievelijk bevestigd aan 5'-positie koolstof en 3'-positie koolstof van het suikermolecuul in een nucleotide. Nucleotiden worden met elkaar verbonden door fosfodiesterbindingen gevormd tussen de 5'-fosfaatgroep van één nucleotide en de 3'-OH-groep van het aangrenzende nucleotide. Als een polynucleotideketen een vrije 5'-fosfaatgroep heeft, wordt deze toegewezen als het 5'-uiteinde; als het een vrije 3'-OH-groep heeft, wordt het toegewezen als een 3'-uiteinde. Daarom hebben DNA-strengen gewoonlijk 5'- en 3'-uiteinden volgens de eindposities van de polynucleotideketens. DNA bestaat ook als dubbelstrengs vorm. Twee strengen zijn antiparallel aan elkaar. Daarom heeft DNA twee strengen die in de richting van 5 'naar 3' en van 3' naar 5' lopen. Stroomopwaarts en stroomafwaarts DNA wordt verwezen met verwijzing naar transcriptie en synthese van 5' naar 3' mRNA-streng. Als DNA wordt beschouwd in de richting van het 5e uiteinde van de coderende streng vanaf de transcriptie-initiatieplaats, staat het bekend als stroomopwaarts DNA. Als DNA wordt beschouwd in de richting van het 3'-uiteinde van de coderende streng vanaf de transcriptie-initiatieplaats, staat dit bekend als stroomafwaarts DNA. Dit is het belangrijkste verschil tussen stroomopwaarts en stroomafwaarts DNA.
Wat is stroomopwaarts DNA?
Een gen is een structurele en functionele erfelijkheidseenheid die zich op het DNA van een organisme bevindt. Het wordt opgeslagen met instructies om een eiwit te construeren. Het gen heeft een specifiek gebied van een DNA-molecuul. Indien nodig transcribeert en verta alt het zich in een eiwit via synthese van een mRNA-streng. Normaal gesproken loopt een coderende streng van het gen van 5' naar 3' richting. Wanneer het wordt getranscribeerd, produceert het een mRNA-streng in dezelfde richting 5' naar 3'. Tijdens de transcriptie wordt de 3'-naar 5'-antisense-streng gediend als de matrijsstreng en initieert de mRNA-synthese. Er is een transcriptie-initiatieplaats in het gen. Met verwijzing naar de transcriptie-initiatieplaats, staat het DNA-gebied naar het 5'-uiteinde van de coderende streng bekend als stroomopwaarts DNA. Een promotor van het gen bevindt zich normaal gesproken in het stroomopwaartse gebied van DNA. In eukaryote genen zijn er TATA-boxen, proximale proximale elementen en versterkers in het gebied stroomopwaarts van het gen. Het stroomopwaartse gebied van het gen wordt aangeduid met negatieve getallen. Stroomopwaarts DNA van een gen is van het grootste belang voor de transcriptie.
Wat is downstream-DNA?
Transcriptie-initiatieplaats staat bekend als +1 punt van een gen. Het DNA-gebied van +1 punt naar het 3'-uiteinde van de coderende streng staat bekend als stroomafwaarts DNA. Met andere woorden, stroomafwaarts van het gen is van de transcriptie-initiatieplaats naar het 5'-uiteinde van de sjabloonstreng. Daarom omvat stroomafwaarts DNA van een gengebied transcriptionele eenheid en andere sequenties zoals terminatorsequentie. De promotor kan de stroomafwaartse sequentie van een gen beïnvloeden. Stroomafwaarts wordt een deel van een gen met positieve getallen verwezen. Stroomafwaarts DNA van een gen is de eigenlijke regio die het eiwitproduct geeft.
Figuur 01: Stroomopwaarts en stroomafwaarts DNA
Wat is het verschil tussen stroomopwaarts en stroomafwaarts DNA?
Upstream vs Downstream DNA |
|
| DNA-gebied naar het 5'-uiteinde van de coderende sequentie vanaf de transcriptie-initiatieplaats staat bekend als stroomopwaarts DNA. | DNA-gebied naar het 3'-uiteinde van de coderende streng vanaf de transcriptie-initiatieplaats staat bekend als stroomafwaarts DNA. |
| Elementen | |
| Promotoren en versterkers bevinden zich op het stroomopwaartse DNA | Transcriptie-eenheid en de terminatorsequenties bevinden zich in het stroomafwaartse DNA. |
| Nummering | |
| Nucleotiden in het stroomopwaartse gebied worden aangeduid met negatieve getallen | Nucleotiden worden aangeduid met positieve getallen. |
| Functie | |
| Deze regio bevat elementen die nodig zijn om transcriptie te reguleren en te starten | Dit gebied bevat instructies om een eiwit te produceren en de transcriptie te beëindigen |
Samenvatting – Stroomopwaarts versus stroomafwaarts DNA
Het is gemakkelijk om stroomopwaarts en stroomafwaarts van een RNA-streng te identificeren. Met betrekking tot de referentieplaats staat het gebied naar het 5'-uiteinde van de RNA-streng bekend als stroomopwaarts RNA, terwijl het gebied naar het 3'-uiteinde bekend staat als stroomafwaarts RNA. In DNA zijn er echter twee strengen die in beide richtingen 5' naar 3' en 3' naar 5' lopen. Daarom is het verschil tussen stroomopwaarts en stroomafwaarts DNA gecompliceerd. Daarom wordt het gedifferentieerd met verwijzing naar de transcriptie van een gen. Vanaf de transcriptie-initiatieplaats naar het 5-uiteinde van de sense-streng staat het DNA-gebied bekend als stroomopwaarts DNA, terwijl vanaf de transcriptie-initiatieplaats naar het 3'-uiteinde van de sense-streng bekend staat als stroomafwaarts DNA. Dit is het verschil tussen stroomopwaarts en stroomafwaarts van DNA.
