Het belangrijkste verschil tussen overeenkomst en identiteit in sequentie-uitlijning is dat overeenkomst de gelijkenis (overeenkomst) is tussen twee sequenties in vergelijking, terwijl identiteit het aantal tekens is dat precies overeenkomt tussen twee verschillende sequenties.
Bio-informatica is een interdisciplinair wetenschapsgebied dat voornamelijk betrekking heeft op moleculaire biologie en genetica, informatica, wiskunde en statistiek. Sequentie-uitlijning is een belangrijke term in de bio-informatica. Het is de procedure waarbij de sequenties van DNA, RNA of eiwit worden gerangschikt om regio's van overeenkomst te identificeren die een gevolg zijn van functionele, structurele of evolutionaire relatie tussen de sequenties. Aan het einde van de uitlijning worden ze weergegeven als rijen in een matrix. Om de identieke karakters in opeenvolgende kolommen uit te lijnen, zijn er tussenruimtes tussen de residuen.
Wat is gelijkenis?
Overeenkomst in sequentie-uitlijning is de gelijkenis tussen twee sequenties wanneer ze worden vergeleken. Dit feit is afhankelijk van de identiteit van sequenties. Overeenkomst geeft de mate weer waarin de residuen zijn uitgelijnd. Vandaar dat vergelijkbare sequenties vergelijkbare eigenschappen bevatten. In de bio-informatica is gelijkenis een hulpmiddel om de gelijkenis tussen twee eiwitten te beoordelen.
Figuur 01: Overeenkomst in reeksuitlijning
Er zijn twee hoofdstappen voor het sequentie-uitlijningsproces. De eerste stap is paarsgewijze uitlijning, wat helpt om de optimale uitlijning tussen twee sequenties (inclusief hiaten) te vinden met behulp van algoritmen zoals BLAST, FastA en LALIGN. Het matching-algoritme vindt het minimum aantal bewerkingsbewerkingen; in-dels en substituties om de ene sequentie op de andere sequentie af te stemmen. Na paarsgewijze uitlijning is het noodzakelijk om twee kwantitatieve parameters te verkrijgen uit elke paarsgewijze vergelijking. Ze zijn identiteit en gelijkenis.
Wat is identiteit?
Identiteit in reeksuitlijning is het aantal tekens dat precies overeenkomt tussen twee verschillende reeksen. Daarom tellen hiaten niet mee bij het beoordelen van identiteit. De meting wordt beschouwd als een relatie met de kortere reeks tussen de twee reeksen. Het impliceert significant dat het het effect heeft waar de sequentie-identiteit niet transitief is. Als X=Y en Y=Z, dan is X niet noodzakelijk gelijk aan Z. Dit wordt afgeleid in termen van de identiteitsafstandsmaat.
Figuur 02: Identiteit in volgorde-uitlijning
X heeft bijvoorbeeld een reeks van AAGGCTT, Y heeft een reeks van AAGGC en Z heeft een reeks van AAGGCAT. Identiteit tussen X en Y is 100% {5 identieke nucleotiden / min [lengte (X), lengte (Y)]}. Identiteit tussen Y en Z is ook 100%. Maar identiteit tussen X en Z is slechts 85% {(6 identieke nucleotiden / 7)}.
Wat zijn de overeenkomsten tussen gelijkenis en identiteit in volgorde-uitlijning?
- Zowel gelijkenis als identiteit zijn twee termen die we gebruiken bij sequentie-uitlijning.
- Ze verwijzen ook naar de gelijkenis tussen de twee sequenties.
- Bovendien drukken we ze uit als een procentuele waarde.
Wat is het verschil tussen gelijkenis en identiteit in volgorde-uitlijning?
Similariteit in uitlijning vertelt de gelijkenis tussen twee sequenties wanneer ze worden vergeleken, terwijl identiteit in sequentie-uitlijning het aantal tekens aangeeft dat precies overeenkomt tussen twee verschillende sequenties. Daarom is dit het belangrijkste verschil tussen gelijkenis en identiteit in sequentie-uitlijning.
Samenvatting – Gelijkenis versus identiteit in volgorde-uitlijning
Sequentie-uitlijning helpt bij het identificeren van regio's van gelijkenis in DNA, RNA of eiwit die het gevolg zijn van functionele, structurele of evolutionaire relatie tussen de sequenties. Daarom zijn gelijkenis en identiteit twee sleuteltermen in de context van sequentie-uitlijning. Het belangrijkste verschil tussen deze twee termen is dat overeenkomst de gelijkenis is tussen twee reeksen in vergelijking, terwijl identiteit het aantal tekens is dat precies overeenkomt tussen twee verschillende reeksen. Dit is dus de samenvatting van het verschil tussen gelijkenis en identiteit in sequentie-uitlijning.
