Het belangrijkste verschil tussen syntenie en collineariteit is dat syntenie de fysieke co-lokalisatie is van genetische loci op hetzelfde chromosoom in soorten, terwijl collineariteit de fysieke co-lokalisatie is van genetische loci op hetzelfde chromosoom in verschillende soorten die dezelfde bestelling.
Synteny en collineariteit zijn twee termen die in de genomica door elkaar worden gebruikt. Beide termen beschrijven de genlokalisatiepatronen op chromosomen in verschillende soorten. Deze verwante genarrangementen onder de taxa zijn waardevolle informatie bij het afleiden van gedeelde voorouders van genen. Synteny verwijst naar de fysieke co-lokalisatie van genetische loci op hetzelfde chromosoom in soorten. Collineariteit verwijst naar de fysieke co-lokalisatie van genetische loci op hetzelfde chromosoom in verschillende soorten die dezelfde volgorde behouden. Daarom is het een vorm van synteny.
Wat is Synteny?
Bij verschillende soorten is er een reeks genen die zich op hetzelfde chromosoom bevinden. En deze fysieke co-lokalisatie van genen op hetzelfde chromosoom in verschillende soorten staat bekend als synteny. Ook worden deze genen heel dicht bij elkaar gevonden op een enkel chromosoom. De volgorde van de genen hoeft niet noodzakelijk hetzelfde te zijn. Maar de lokalisatie van genen bij elkaar op hetzelfde chromosoom vindt synteny plaats. Daarom beschrijft synteny voornamelijk het distributiepatroon van genen op een chromosoom. Deze patronen van co-lokalisatie van genen duiden op relaties tussen verschillende soorten en hun evolutie. Syntenie kan echter worden verstoord door chromosomale herschikkingen zoals translocaties, inversie en chromosoomfusie, enz. duplicaties, verlies en ongelijke homologe recombinatie.
Figuur 01: Synteny
Er wordt aangenomen dat alle gekoppelde genen syntenisch zijn. Niet alle syntenische genen zijn echter noodzakelijkerwijs gekoppeld. Ze bezitten gemeenschappelijke chromosoomsequenties. Mensen hebben veel syntenische genen met andere zoogdieren. Bovendien hebben veel granen syntenische genen.
Wat is collineariteit?
Collineariteit is een meer specifieke vorm van syntenie waarbij een reeks genen zich op hetzelfde chromosoom van verschillende soorten bevindt in dezelfde volgorde als bij de voorouderlijke soort. Daarom, als er een afwijking is van collineariteit, zal het een betrouwbaarder fylogenetisch karakter zijn, aangezien collineariteit de gedeelde afstamming van genen verklaart.
Figuur 02: Collineariteit
Multiway collineariteitsanalyse biedt veel betrouwbaardere informatie over de verwante soorten en hun fylogenie.
Wat zijn de overeenkomsten tussen synteny en collineariteit?
- In zowel syntenie als collineariteit bevindt een reeks loci in twee verschillende soorten zich op hetzelfde chromosoom.
- Deze termen beschrijven de fysieke co-lokalisatie van genetische loci op hetzelfde chromosoom.
- Collineariteit is een meer specifieke vorm van syntenie.
- Soms worden beide termen door elkaar gebruikt in genomics.
- Als twee regio's collineariteit hebben, zijn ze duidelijk synthetisch.
- Ze zijn nuttig bij het afleiden van fylogenie.
Wat is het verschil tussen synteny en collineariteit?
Synteny en collineariteit zijn twee termen die in de genomica door elkaar worden gebruikt. Synteny verwijst naar de fysieke co-lokalisatie van een reeks genen in hetzelfde chromosoom in verschillende soorten. Collineariteit is een vorm van syntenie waarbij de set genen in dezelfde volgorde is gelokaliseerd tussen de verschillende soorten. Daarom is dit het belangrijkste verschil tussen synteny en collineariteit.
Samenvatting – Synteny vs collineariteit
De termen syntenie en collineariteit verwijzen naar een reeks genen die zich in verschillende soorten op hetzelfde chromosoom bevinden. In feite zijn deze genen bij verschillende soorten co-gelokaliseerd in hetzelfde chromosoom. Synteny beschrijft de fysieke co-lokalisatie van set genen op hetzelfde chromosoom in verschillende soorten, terwijl collineariteit een meer specifieke vorm van synteny is waarbij de set genen in dezelfde volgorde co-gelokaliseerd is. Dit vat dus het verschil tussen syntenie en collineariteit samen.
