Het belangrijkste verschil tussen consensus-PCR en pan-PCR is dat consensus-PCR altijd gericht is op geconserveerde regio's, terwijl Pan-PCR zich richt op variabele regio's om verschillende stammen van een groep te identificeren
Polymerasekettingreactie (PCR) is een genamplificatietechniek die uit drie hoofdstappen bestaat, namelijk denaturatie, annealing en extensie. Dit wordt veel gebruikt in de diagnostiek en moleculaire identificatie. Consensus PCR- en Pan-PCR-technieken zijn gebaseerd op de primerdoelen die elk PCR-type gebruikt.
Wat is consensus-PCR?
Consensus PCR is een PCR-techniek die zich richt op een geconserveerd gebied voor een bepaalde soort of geslachten. Daarom worden sterk geconserveerde gebieden gekozen voor amplificatie. Via deze methode kunnen organismen worden geïdentificeerd en onderscheiden op basis van hun consensus. Deze methode identificeert een geconserveerd gebied voor een bepaalde soort. Het 16s-rRNA-gebied van bacteriën blijft bijvoorbeeld een geconserveerd gebied onder bacteriën. Daarom is slechts één primerset vereist voor amplificatie. In de meeste gevallen kan een universele primer worden gebruikt die specifiek is voor het geconserveerde gebied.
Figuur 01: PCR-techniek
Door een consensus PCR-methode te volgen, kunnen soortkarakterisering en evolutionaire relaties worden afgeleid. Op basis van de amplificatie-efficiëntie van het specifieke monsterorganisme kan ook de consensus van het organisme ten opzichte van de groep worden afgeleid. Verder is het uitvoeren van een consensus-PCR van vitaal belang in fylogenetische studies. Het maakt de identificatie van een soort mogelijk en interpreteert de afwijking van het specifieke organisme in termen van de gemeenschappelijke voorouder.
Wat is Pan-PCR?
Een Pan-PCR is een multiplexmodus van PCR. Bij deze techniek worden verschillende stammen geamplificeerd met behulp van verschillende primerdoelen. De doelen kunnen echter gemeenschappelijke doelen zijn voor de stamgroepen. In Pan-PCR kunnen dus meer dan twee primersets tegelijk worden gebruikt. Het kan plaatsvinden in een reactiemethode met één buis of als een reactiemethode met meerdere buizen. Pan-PCR is tijdrovender en complexer in vergelijking met een consensus-PCR. Om deze reden kan de interpretatie van de PCR-resultaten ook complexer zijn in Pan PCR.
De belangrijkste toepassing van Pan PCR is in moleculaire diagnostiek. Het maakt het mogelijk onderscheid te maken tussen verschillende stammen van een soort door middel van doelamplificatie. Pan-PCR is een ideale techniek om verschillende stammen van een enkele soort te identificeren die een ziekte veroorzaken. In de meeste gevallen is de automatisering van Pan PCR-technieken voor verschillende gezondheidsproblemen erg belangrijk en is het een betrouwbare en zeer efficiënte techniek.
Wat zijn de overeenkomsten tussen consensus-PCR en Pan-PCR?
- Consensus PCR en Pan PCR zijn twee soorten PCR-technieken.
- Beide procedures volgen de algemene procedure in drie stappen - denaturatie, annealing en verlenging.
- Ze gebruiken primers die doelspecifiek zijn.
- Beide reacties vinden plaats in een thermische cycler.
- Deze reacties kunnen worden geautomatiseerd.
- Beide kunnen worden gebruikt in moleculaire diagnostiek en identificatie; de nauwkeurigheid varieert echter.
- Deze procedures vereisen validatie.
Wat is het verschil tussen consensus-PCR en pan-PCR?
Zowel Consensus als Pan-PCR volgen dezelfde routineprocedure. Het belangrijkste verschil tussen consensus-PCR en Pan-PCR is echter gebaseerd op de primerdoelen die elke procedure gebruikt. Terwijl consensus-PCR altijd gericht is op geconserveerde regio's, richt een Pan-PCR zich op variabele regio's om verschillende stammen van een groep te identificeren. Vanwege dit verschil variëren de protocollen voor het ontwerpen van primers, het aantal gebruikte primersets en de specifieke toepassingen.
De onderstaande infographic vat het verschil tussen Consensus PCR en Pan PCR samen.
Samenvatting – Consensus PCR versus Pan PCR
PCR, geïntroduceerd door Mulli, speelt een belangrijke revolutionaire rol in toepassingen in de moleculaire biologie. Consensus en Pan-PCR zijn twee soorten PCR op basis van hun primer-doelgebieden. Terwijl consensus-PCR zich richt op geconserveerde regio's, richt Pan-PCR zich op variabele regio's en speelt het een belangrijke rol bij de identificatie van stammen. Vanwege dit fundamentele verschil tussen consensus-PCR en Pan-PCR, variëren de specifieke functies van elk type PCR ook van fylogenetische analyse tot moleculaire karakterisering tot moleculaire diagnostiek.
