Het belangrijkste verschil tussen contig en scaffold is dat een contig geen openingen heeft, terwijl een steiger uit contigs en openingen bestaat.
Genoomsequentiebepaling van meercellige organismen is erg moeilijk in vergelijking met de sequentiebepaling van eencellige organismen. Whole-genome shotgun-sequencing is een gemakkelijke en snelle genoomsequencing-techniek voor meercellige genomen. Het is een methode die veel overlappende DNA-fragmenten parallel sequentieert. Bij deze methode worden kleine fragmenten samengevoegd tot grotere fragmenten en vervolgens met behulp van een computer tot grotere contigs. Vervolgens worden de contigs samengevoegd tot steigers en uiteindelijk tot een chromosoom. Daarom is contig een continu stuk nucleotidesequenties, terwijl scaffold een deel van het genoom is dat bestaat uit contigs en hiaten. Zowel contig als scaffold zijn gereconstrueerde genomische sequenties.
Wat is Contig?
Contig is een genomische sequentie. Het is een aaneengesloten reeks sequenties bestaande uit A-, C-, G- en T-basen. Het wordt gevormd door verschillende kleine overlappende stukjes DNA samen te voegen tot een langere reeks. In eenvoudige bewoordingen is contig een verzameling van een reeks sequentiefragmenten. Contig-creatie omvat de identificatie van overlappende sequentiefragmenten op basis van lokale methoden voor het matchen en uitlijnen van strings die overlappende uiteinden van de sequenties identificeren.
Contigs hebben geen gaten. Het is een onderdeel van een steiger. Contigs worden aan elkaar geketend bij het maken van een steiger. Het vereist aanvullende informatie over de relatieve positie en oriëntatie van de contigs in het genoom. De gaten scheiden contigs in een steiger. Kortom, contig-assemblage is een belangrijke stap in de sequencing van het hele genoom. Contigs worden uiteindelijk samengevoegd tot een complete genomische sequentie. Contig-assemblage vereist doorgaans het begrip van algoritmen voor het matchen van strings en het uitlijnen van sequenties.
Wat is een steiger?
Een scaffold is een gereconstrueerde genomische sequentie van jachtgeweerklonen met volledige sequentie van het hele genoom. Structureel bestaat een steiger uit contigs en hiaten. Daarom worden steigers gemaakt door contigs aan elkaar te koppelen en te scheiden door gaten. Het maken van steigers heeft informatie nodig over de relatieve positie en oriëntatie van de contigs in het genoom. Whole-genome shotgun-assemblage heeft tot doel elke genomische sequentie in één scaffold weer te geven. Maar het is niet helemaal mogelijk. Daarom kan één chromosoom worden vertegenwoordigd door verschillende steigers. Soms kunnen steigers elkaar overlappen. Bovendien kunnen sommige steigers tijdens de montage worden uitgefilterd.
Figuur 02: Overzicht van Whole-Genome Shotgun Assembly
De lengte van een steigeropening geeft niet de werkelijke lengte weer. Over het algemeen worden openingen willekeurig ingesteld op bepaalde vaste lengtes. Vandaar dat deze hiaten en onzekerheden in hun lengte problemen veroorzaken bij het begrijpen van de ware ruimtelijke relaties van functionele elementen in genomen en de feitelijke omvang van ontbrekende informatie. Soms vertegenwoordigen hiaten ontbrekende genomische informatie.
Wat zijn de overeenkomsten tussen Contig en Scaffold?
- Contig en scaffold zijn genomische sequenties die zijn samengesteld uit nucleotidesequenties.
- Steigers zijn samengesteld uit contigs en hiaten.
Wat is het verschil tussen Contig en Scaffold?
Een contig is een continue sequentie die is samengesteld uit een set sequentiefragmenten. Daarentegen is een scaffold een deel van de genomische sequentie die is gereconstrueerd door contigs aan elkaar te koppelen. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen contig en scaffold. Bovendien hebben contigs geen openingen, terwijl contigs in een steiger worden gescheiden door openingen.
De onderstaande infographic geeft meer verschillen weer tussen contig en scaffold.
Samenvatting – Contig vs Scaffold
Zowel contig als scaffold zijn gereconstrueerde nucleotidesequenties in sequencing-projecten van het hele genoom. Contig is een continu stuk genomische sequentie die A-, C-, G- en T-basen bevat zonder gaten. De scaffold is een genomische sequentie die bestaat uit contigs en gaps. Vandaar dat de kortste assemblagecomponenten contigs zijn, terwijl de steigers assemblages van contigs zijn. Ten slotte worden de steigers geassembleerd tot chromosomen in sequencing van het hele genoom. Dit vat dus het verschil tussen contig en scaffold samen.
