Het belangrijkste verschil tussen de Shine Dalgarno- en Kozak-sequentie is dat de Shine Dalgarno-sequentie een ribosomale bindingsplaats is in bacterieel en archaeaal messenger-RNA, terwijl de Kozak-sequentie een eiwittranslatie-initiatieplaats is in de meeste eukaryote messenger-RNA's.
Shine Dalgarno- en Kozak-sequentie zijn twee consensussequenties die erg belangrijk zijn voor het initiëren van translatie. In de moleculaire biologie is translatie het proces waarbij ribosomen in het cytoplasma eiwitten synthetiseren na het transcriptieproces. Bij translatie wordt een mRNA (messenger-RNA) gedecodeerd in een ribosoom om een specifieke aminozuurketen buiten de kern te produceren. Typisch induceert een ribosoom het decoderingsproces door de binding van complementaire tRNA-anticodonsequenties aan mRNA-codons te vergemakkelijken. De vertaling verloopt in drie fasen: initiatie, verlenging en beëindiging.
Wat is Shine Dalgarno Sequence?
Shine Dalgarno-sequentie is een ribosomale bindingsplaats in bacterieel en archaeaal boodschapper-RNA. Het bevindt zich over het algemeen ongeveer 8 basen stroomopwaarts van het startcodon AUG. Deze RNA-sequentie helpt bij het werven van ribosomen naar het boodschapper-RNA door het ribosoom uit te lijnen met een mRNA-startcodon. Zo initieert het de eiwitsynthese. Eenmaal na rekrutering kan het tRNA aminozuren in volgorde toevoegen, zoals gedicteerd door de mRNA-codons. Deze speciale volgorde is gebruikelijk bij bacteriën, maar zeldzamer bij archaea. Bovendien is het ook aanwezig in chloroplast en mitochondriale transcripten. De Shine Dalgarno-reeks werd voor het eerst voorgesteld door de Australische wetenschappers John Shine en Lynn Dalgarno. De consensussequentie van zes basen is AGGAGG. In Escherichia coli is de sequentie bijvoorbeeld AGGAGGU.
Figuur 01: Shine Dalgarno-reeks
De selectie van de initiatieplaats (AUG) hangt af van de interactie tussen de 30S-subeenheid van ribosoom en mRNA-sjabloon. Het pyrimidine-rijke gebied op de 16srRNA-component van de 30S-subeenheid bindt aan het purinerijke gebied dat bekend staat als de Shine Dalgarno-sequentie stroomopwaarts van het AUG-initiatiecodon in mRNA. Bovendien paren deze complementaire nucleotidesequenties tijdens de vorming van het initiatiecomplex om een dubbelstrengs RNA-structuur te vormen. Dit vergemakkelijkt de binding van mRNA aan een ribosoom op een zodanige manier dat het startcodon op de P-plaats van het ribosoom wordt geplaatst.
Wat is Kozak-reeks?
Kozak-sequentie is een eiwittranslatie-initiatieplaats in het meeste eukaryote mRNA. Deze sequentie wordt ook wel de Kozak-consensussequentie genoemd. Kozak-sequentie is de optimale sequentie voor het initiëren van translatie in eukaryoten. Deze sequentie is een integraal aspect van eiwitregulatie. Het is ook erg belangrijk voor de algehele cellulaire gezondheid. Het helpt bij het corrigeren van eiwitvertaling van genetische berichten door ribosoomassemblage en translatie-initiatie te bemiddelen.
Figuur 02: Kozak-reeks
Deze reeks is vernoemd naar de wetenschapper die hem ontdekte, Marilyn Kozak. Ze ontdekte het door een gedetailleerde analyse van DNA-genoomsequenties. De Kozak-reeks is 5' (gcc) gccRccAUGG-3'. De hoofdletters geven geconserveerde basen aan, terwijl kleine letters gemeenschappelijke variabele basen aangeven. R geeft een purine (adenine of guanine) aan die zich altijd op deze locatie bevindt.
Wat zijn de overeenkomsten tussen Shine Dalgarno en Kozak Sequence?
- Shine Dalgarno en Kozak-sequentie zijn twee consensussequenties die erg belangrijk zijn bij het initiëren van translatie.
- Beide zijn RNA-sequenties.
- De kleinere subeenheid van het ribosoom bindt aan beide sequenties.
- Beide sequenties bemiddelen de juiste ribosoomassemblage en translatie-initiatie.
- Het zijn integrale aspecten van eiwitregulatie en algehele cellulaire gezondheid.
Wat is het verschil tussen Shine Dalgarno en Kozak Sequence?
Shine Dalgarno-sequentie is een ribosomale bindingsplaats die wordt aangetroffen in bacterieel en archaeaal messenger-RNA, terwijl de Kozak-sequentie een eiwittranslatie-initiatieplaats is die wordt aangetroffen in het meeste eukaryote messenger-RNA. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen de Shine Dalgarno- en Kozak-reeks. Verder is de Shine Dalgarno-sequentie 5'AGGAGGU3', terwijl de Kozak-sequentie 5' (gcc) gccRccAUGG-3' is.
De volgende infographic geeft een overzicht van de verschillen tussen Shine Dalgarno en Kozak-reeks in tabelvorm voor vergelijking naast elkaar.
Samenvatting – Shine Dalgarno vs Kozak Sequence
Shine Dalgarno- en Kozak-sequenties zijn twee consensus-RNA-sequenties die erg belangrijk zijn voor ribosoomassemblage en translatie-initiatie. De Shine Dalgarno-sequentie is een ribosomale bindingsplaats in bacterieel en archaeaal messenger-RNA, terwijl de Kozak-sequentie een eiwittranslatie-initiatieplaats is in het meeste eukaryote messenger-RNA. Dit vat dus het verschil samen tussen Shine Dalgarno en Kozak-sequentie.
