Het belangrijkste verschil tussen EcoRI- en HindIII-restrictie-enzymen is dat EcoRI een type II-restrictie-enzym is dat is geïsoleerd uit E. coli, terwijl HindIII een type II-restrictie-enzym is dat is geïsoleerd uit Haemophilus influenza.
Restrictie-enzym of restrictie-endonuclease is een enzym dat DNA op specifieke herkenningsplaatsen (restrictieplaatsen) in het DNA-molecuul in fragmenten splitst. Deze restrictie-enzymen worden gevonden in bacteriën en archaea. Ze bieden een afweermechanisme tegen binnendringende virussen. Restrictie-enzymen worden over het algemeen ingedeeld in vijf verschillende typen: type I, type II, type III, IV en type V. EcoRI en HindIII zijn twee restrictie-enzymen die behoren tot de groep van type II restrictie-enzymen.
Wat zijn EcoRI-restrictie-enzymen?
EcoRI is een type II restrictie-enzym dat wordt geïsoleerd uit E.coli-soorten. Het is een restrictie-enzym dat dubbele DNA-helices op specifieke plaatsen in fragmenten splitst. EcoRI maakt ook deel uit van het restrictie-modificatiesysteem. EcoRI was het eerste enzym dat oorspronkelijk werd geïsoleerd uit de RY13-stam van de E. coli-soort. Het wordt gebruikt als een restrictie-enzym in de moleculaire biologie. EcoRI creëert kleverige uiteinden van 4 nucleotiden met 5'-uiteinden van AATT. EcoRI knipt het DNA op de specifieke herkenningssequentie G↓AATTC. Het heeft de palindroom complementaire sequentie van CTTAA↓G. Bovendien behoort dit restrictie-enzym tot de subklasse type II P (palindroomspecificiteit). In zijn primaire structuur bevat EcoRI het PD. D/EXK-motief in zijn actieve plaats, net als veel andere restrictie-enzymen.
Figuur 01: EcoRI
EcoRI-restrictie-enzym is een homodimeer van 31 kDa. Het bevat één bolvormig domein van de α/β-architectuur. Elke subeenheid bevat een lus die uit het bolvormige domein steekt en zich bij binding om het DNA wikkelt. Dit enzym kan worden gecokristalliseerd met de sequentie die het normaal gesproken afsnijdt. Bovendien wordt het EcoRI-restrictie-enzym gebruikt in een breed scala aan moleculair genetische technieken, waaronder klonen, DNA-screening en deletiesecties van DNA-in-vitro-omstandigheden.
Wat zijn HindIII-restrictie-enzymen?
HindIII is een type II-restrictie-enzym dat is geïsoleerd uit Haemophilus-influenza-soorten. Het splitst de DNA-palindroomsequentie AACCTT in aanwezigheid van de cofactor Mg2+ door middel van hydrolyse. De splitsing van deze specifieke sequentie tussen de AA'S (5'A↓ACCTT3' en 3'TTCGA↓A5') resulteert in 5'-overhangen op het DNA-molecuul dat kleverige uiteinden worden genoemd. Dit enzym wordt aangetroffen in prokaryotische organismen zoals bacteriën. Bacteriën gebruiken dit enzym als afweermechanisme tegen virussen zoals bacteriofagen.
Figuur 02: HindIII
Structureel gezien is HindIII een homodimeer. Het bevat een gemeenschappelijke structurele kern bestaande uit vier β-vellen en een enkele α-helices, net als andere typen II-restrictie-enzymen. De molecuulmassa van dit enzym is 34,9 kDa. Bovendien is HindIII zeer nuttig in moderne moleculair-biologische wetenschappelijke experimenten zoals DNA-sequencing en mapping.
Wat zijn de overeenkomsten tussen EcoRI en HindIII restrictie-enzymen?
- EcoRI en HindIII zijn twee restrictie-enzymen die behoren tot de type II restrictie-enzymgroep.
- EcoRI en HindIII werden begin jaren 70 gevonden.
- EcoRI en HindIII bevatten beide het PD.. D/EXK aminozuursequentiemotief.
- Beide restrictie-enzymen voeren een zeer specifieke splitsing van het DNA uit.
- Deze restrictie-enzymen hebben Mg2+ nodig als cofactor voor hun specifieke activiteit.
- Ze produceren plakkerige uiteinden na het knippen van DNA.
- Het zijn zeer bruikbare componenten in modern moleculair biologisch onderzoek.
Wat is het verschil tussen EcoRI en HindIII restrictie-enzymen?
EcoRI is een type II-restrictie-enzym dat wordt geïsoleerd uit E.coli-soorten, terwijl HindIII een type II-restrictie-enzym is dat wordt geïsoleerd uit Haemophilus-influenza-soorten. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen EcoRI en HindIII. Bovendien knipt EcoRI het DNA op de specifieke herkenningssequentie G↓AATTC, terwijl HindIII het DNA knipt op de specifieke herkenningssequentie A↓ACCTT.
De onderstaande infographic presenteert de verschillen tussen EcoRI en HindIII in tabelvorm voor vergelijking naast elkaar.
Samenvatting – EcoRI vs HindIII restrictie-enzymen
EcoRI en HindIII zijn twee restrictie-enzymen die behoren tot de type II p-subklasse. Ze voeren een zeer specifieke splitsing van het DNA uit. EcoRI is een type II-restrictie-enzym dat wordt geïsoleerd uit E.coli-soorten, terwijl HindIII een type II-restrictie-enzym is dat wordt geïsoleerd uit Haemophilus-influenza-soorten. Dit vat dus het verschil tussen EcoRI en HindIII samen.
