Het belangrijkste verschil tussen ITS1 en ITS2 is dat ITS1 een spacer-DNA is dat zich tussen 18S en 5.8S rRNA-genen in eukaryoten bevindt, terwijl ITS2 een spacer-DNA is dat zich tussen 5.8S en 28S rRNA-genen in eukaryoten bevindt.
Intern getranscribeerde spacer (ITS) is het spacer-DNA dat zich gewoonlijk tussen kleine subeenheid ribosomaal RNA en grote subeenheid ribosomaal RNA-genen in het chromosoom of in het overeenkomstige getranscribeerde gebied in het polycistronische rRNA-precursortranscriptmolecuul bevindt. In bacteriën en archaea is er slechts een enkele ITS tussen 16S en 23S rRNA-genen. Maar in eukaryoten zijn er twee ITS spacer-DNA: ITS1 (tussen 18S en 5.8S rRNA-genen) en ITS2 (tussen 5,8S en 28S rRNA). Daarom zijn ITS1 en ITS2 twee spacer-DNA gevonden tussen rRNA-genen in eukaryoten.
Wat is ITS1?
ITS1 is een spacer-DNA dat zich tussen 18S- en 5.8S-rRNA-genen in eukaryoten bevindt. ITS verwijst naar een stuk niet-functioneel spacer-DNA dat zich tussen rRNA-genen bevindt. ITS1 heeft een grotere lengtevariatie dan ITS2. De lengtevariatie van ITS1 is ongeveer (200-300bp). ITS-markers zoals ITS1 hebben hun efficiëntie bewezen bij het ophelderen van fylogenetische relaties tussen verschillende taxa. Bovendien is ITS1-spacer-DNA minder geconserveerd dan ITS2-spacer-DNA. ITS1-structuren worden alleen bewaard in veel kleinere taxonomische eenheden. Elke eukaryote ribosomale cluster bevat ook regio's die extern getranscribeerde spacers worden genoemd (5' en 3' ETS).
Figuur 01: ITS1-regio
Het ITS1-spacer-DNA ligt heel dicht bij de 5'extern getranscribeerde spacer (5' ETS). Bovendien, als iemand het ITS1-gebied wil versterken voor fylogenetische relatiestudies, moet hij voor dit doel een specifiek primerpaar (reverse en forward primers) gebruiken. Om de ITS1-regio te versterken, worden normaal gesproken twee primersets gebruikt in de PCR-protocollen van laboratoria. Dit zijn ITS1 vooruit en ITS2 achteruit of ITS1 vooruit en ITS4 achteruit.
Wat is ITS2?
ITS2 is een spacer-DNA dat zich tussen 5,8S- en 28S-rRNA-genen in eukaryoten bevindt. Het ITS2-gebied heeft een kortere lengtevariatie dan het ITS1-gebied. De lengtevariatie van ITS2 is ongeveer (180-240bp). De ITS2-regio is echter meer geconserveerd dan de ITS1-regio in veel taxonomische eenheden. Het identificeert dat alle ITS2-sequenties een gemeenschappelijke kern van de secundaire structuur delen. Bovendien is 40% ITS2-regio geconserveerd onder alle angiospermen, terwijl het mogelijk is om 50% van de ITS2-regio uit te lijnen over familie en hoger niveau.
Figuur 02: ITS2-regio
Ongeacht de reikwijdte van de conservering, is het gebruik van de ITS2-regio ook erg populair, zoals de ITS1-regio in fylogenetische relatiestudies, vooral in DNA-barcodering van schimmels. Om de ITS2-regio te versterken, wordt over het algemeen een specifieke primerset gebruikt in de PCR-protocollen van laboratoria. Dat is ITS1 vooruit en ITS4 achteruit. Maar wanneer het PCR-protocol deze primerset gebruikt, versterkt het ook de ITS1-regio samen met de ITS2-regio. Verder ligt het ITS2-spacer-DNA heel dicht bij de 3'extern getranscribeerde spacer (3' ETS).
Overeenkomsten tussen ITS1 en ITS2
- ITS1 en ITS2 zijn twee spacer-DNA die zich tussen rRNA-genen bevinden.
- Ze zijn alleen aanwezig in eukaryoten.
- Beide kunnen worden geamplificeerd door specifieke primerparen te gebruiken.
- Ze worden allebei uitgesneden in rRNA-rijping als niet-functionele bijproducten.
- Beide zijn erg belangrijk voor fylogenetische relatiestudies, vooral bij DNA-barcodering van schimmels.
Verschil tussen ITS1 en ITS2
ITS1 is een spacer-DNA dat aanwezig is tussen 18S en 5.8S rRNA-genen in eukaryoten, terwijl ITS2 een spacer-DNA is dat zich tussen 5.8S en 28S rRNA-genen in eukaryoten bevindt. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen ITS1 en ITS2. Bovendien heeft ITS1 een grotere lengtevariatie in vergelijking met ITS2. Aan de andere kant heeft ITS2 een kortere lengtevariatie in vergelijking met ITS1. Dit is een ander verschil tussen ITS1 en ITS2.
De onderstaande infographic geeft een overzicht van de verschillen tussen ITS1 en ITS2 in tabelvorm om ze naast elkaar te kunnen vergelijken.
Samenvatting – ITS1 vs ITS2
Intern getranscribeerd gebied (ITS) is een niet-functioneel stuk spacer-DNA dat zich tussen rRNA-genen bevindt. In bacteriën en archaea is er slechts één ITS-regio. Maar in eukaryoten zijn er twee ITS-regio's: ITS1 en ITS2. ITS1 is een spacer-DNA dat zich tussen 18S- en 5.8S-rRNA-genen in eukaryoten bevindt, terwijl ITS2 een spacer-DNA is dat zich tussen 5.8S- en 28S-rRNA-genen in eukaryoten bevindt. Dit is dus de samenvatting van het verschil tussen ITS1 en ITS2.
