Het belangrijkste verschil tussen LINE's en SINE's is dat LINE's (lange afgewisselde nucleaire elementen) een soort langere niet-LTR retrotransposons zijn, terwijl SINE's (korte afgewisselde nucleaire elementen) een soort veel kortere niet-LTR retrotransposons zijn.
Niet-LTR retrotransposons bevatten geen lange terminale herhalingen (LTR). Ze bevatten echter genen voor reverse transcriptase, RNA-bindend eiwit, nuclease en ribonuclease H-domein. Niet-LTR retrotransposons hebben korte herhalingen. Deze herhalingen hebben een omgekeerde volgorde van basen naast elkaar. Afgezien daarvan hebben niet-LTR-retrotransposons ook directe herhalingen die worden gevonden in LRT-transposons. Niet-LTR retrotransposons vallen in twee categorieën als LINE's en SINE's.
Wat zijn LIJNEN?
LINE's (lange afgewisselde nucleaire elementen) zijn langere niet-LTR retrotransposons. Ze zijn wijdverbreid in het genoom van eukaryoten. Ze vormen meestal 21,1% van het menselijk genoom. Elke LIJN is ongeveer 7000 basenparen lang. LINE's kunnen transcriberen in mRNA en vertalen in een eiwit dat kan functioneren als een reverse transcriptase-enzym. Deze reverse transcriptase produceert DNA-kopieën van het LINEs-RNA. Deze DNA-kopieën kunnen op een nieuwe locatie in het genoom worden geïntegreerd.
Figuur 01: LIJNEN en SINE'S
Het menselijk genoom heeft maar één overvloedige LINE genaamd LINE-1. LINE-1 element is ongeveer 6000 basenparen lang. Er zijn ongeveer 100.000 afgeknotte LINE-1-elementen in het menselijk genoom. Willekeurige mutatie kan optreden in LINE's. Door willekeurige mutaties kunnen de LINE's degenereren. Ze worden niet meer getranscribeerd of vertaald. Verder zijn LINE's gegroepeerd in vijf hoofdgroepen, zoals L1, RTE, R2, I en jockey. Deze vijf groepen worden verder onderverdeeld in nog eens 28 clades.
LINE's worden normaal gesproken gepropageerd via een mechanisme dat target-primed reverse transcriptiemechanisme (TPRT) wordt genoemd. Het inbrengen van LINE's veroorzaakt menselijke ziekten zoals hemofilie A, kanker, mendeliaanse aandoeningen, enz. Hypomethylering van LINE's veroorzaakt ook bepaalde soorten kanker.
Wat zijn SINE's?
SINE's (korte afgewisselde nucleaire elementen) zijn een soort veel kortere niet-LTR retrotransposons. Ze zijn ongeveer 100 tot 700 basenparen lang. SINE's zijn ook DNA-elementen die zichzelf door eukaryote genomen versterken via RNA-tussenproducten. SINE's vormen ongeveer 13% van het zoogdiergenoom. De interne regio's van SINE's zijn afkomstig van tRNA. Het blijft sterk geconserveerd. Ze zijn vaak aanwezig in veel soorten gewervelde dieren en ongewervelde dieren. De variatie in het aantal kopieën en de mutaties in de SINE's kunnen worden opgenomen om de op fylogenie gebaseerde classificatie van soorten te construeren.
SINE's kunnen worden gegroepeerd in drie hoofdtypen: CORE-SINE's, V-SINE's en AmnSINE's. Alu-element is de meest voorkomende SINE bij primaten. Bovendien zijn er meer dan 50 menselijke ziekten geassocieerd met het inbrengen van SINE's. Wanneer ze in of nabij exons worden geplaatst, kunnen ze onjuiste splicing veroorzaken of het leeskader veranderen. Dit leidt tot ziektefenotypes zoals borstkanker, darmkanker, leukemie, hemofilie, cystische fibrose, darmkanker, de ziekte van Dent, neurofibromatose, enz.
Wat zijn de overeenkomsten tussen LINE's en SINE's?
- LINE's en SINE's zijn twee soorten niet-LTR retrotransposons.
- Beide hebben geen lange terminale regio's (LTR).
- Beide komen voornamelijk alleen in eukaryoten voor.
- Ze zijn allebei niet-autonoom.
Wat is het verschil tussen LINE's en SINE's?
LINE's zijn langere niet-LTR-retrotransposons, terwijl SINE's veel kortere niet-LTR-retrotransposons zijn. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen LINE's en SINE's. Bovendien coderen LINES voor reverse transcriptase-enzym, terwijl SINE niet codeert voor reverse transcriptase-enzym. Dit is dus een ander verschil tussen LINE's en SINE's.
Meer verschillen tussen LINE's en SINE's worden hieronder vermeld in tabelvorm voor vergelijking naast elkaar.
Samenvatting – LINEs vs SINEs
Retrotransposons komen voornamelijk voor in alle eukaryoten, maar afwezig in prokaryoten. Ongeveer 37% van het menselijk genoom bevat retrotransposons. Retrotransposons zijn hoofdzakelijk twee typen: LTR- en niet-LTR-retrotransposons. Niet-LTR-retrotransposons bevatten geen lange terminale herhalingen (LTR), die aanwezig zijn in LTR-retrotransposons. Niet-LTR retrotransposons zijn verder onderverdeeld in twee categorieën: LINE's en SINE's. LINE's zijn langere niet-LTR-retrotransposons, terwijl SINE's veel kortere niet-LTR-retrotransposons zijn. Dit is dus de samenvatting van het verschil tussen LINE's en SINE's.
