Het belangrijkste verschil tussen MLVA en MLST is dat MLVA het polymorfisme van tandem herhaalde DNA-sequenties gebruikt om microbiële soorten te karakteriseren, terwijl MLST het polymorfisme van DNA-sequenties van interne fragmenten van meerdere huishoudgenen gebruikt om microbiële soorten te karakteriseren.
Microbiële typering wordt normaal gesproken gebruikt om de bron en routes van infecties te bepalen. Het bevestigt of sluit uitbraken uit. Microbiële typering traceert ook de kruisoverdracht van ziekteverwekkers die verband houden met de gezondheidszorg en herkent virulente stammen. Bovendien evalueert microbiële typering de effectiviteit van controlemaatregelen van pathogene microbiële soorten. MLVA en MLST zijn twee moleculair biologische technieken die worden gebruikt bij microbiële typering.
Wat is MLVA?
Multiple loci VNTR-analyse (MLVA) is een moleculair biologische methode die het polymorfisme van tandem herhaalde DNA-sequenties gebruikt om microbiële soorten te karakteriseren. Het is een methode die wordt gebruikt voor de genetische analyse van bepaalde microbiële soorten.
Tijdens de eerste stap van MLVA wordt elke gerichte VNTR-locus geamplificeerd door PCR met flankerende regiospecifieke primers. Vervolgens worden de verkregen fragmenten op grootte gescheiden door elektroforese op een capillaire sequencer. De genotypering van elke locus en de resultaten die van elk monster zijn samengesteld, maken het mogelijk een micro-organisme te karakteriseren waarvan de soort bekend is. Het maakt het ook mogelijk de ondersoort te identificeren door middel van alleltypering en vergelijking met de MLVA-databases.
Figuur 01: MLVA
Deze MLVA-methode is selectiever dan de MLST-methode. Bovendien vereist de MLVA-methode geen stap voor DNA-sequentiebepaling. Het maakt het dus mogelijk om nauwe ondersoorten of klonale soorten te onderscheiden.
Wat is MLST?
Multilocus-sequentietypering (MLST) is een techniek die het polymorfisme van DNA-sequenties van interne fragmenten van meerdere huishoudgenen gebruikt om microbiële soorten te karakteriseren. MLST is een techniek in genetische analyse voor het typen van meerdere loci.
Figuur 02: MLST
Het is een type sequencing-typering dat wordt gebruikt als een referentietechniek om verschillende stammen van microbiële soorten te onderscheiden. Deze methode is gebaseerd op sequentiebepaling van huishoudgenen. De huishoudgenen coderen normaal gesproken voor essentiële eiwitten van microbiële agentia zoals een bacterie. Deze sequenties van huishoudgenen hebben de bijzonderheid dat ze in de loop van de tijd een stabiel polymorfisme vertonen. Daarom zijn de verschillen in sequenties van huishoudgenen voldoende om stammen van elkaar te onderscheiden. Bovendien was het eerste MLST-schema dat werd ontwikkeld Neisseria meningitidis, de veroorzaker van meningokokkenmeningitis en bloedvergiftiging. Sinds de introductie wordt MLST niet alleen gebruikt voor ziekteverwekkers bij de mens, maar ook voor plantpathogenen.
Wat zijn de overeenkomsten tussen MLVA en MLST?
- MLVA en MLST zijn twee moleculair biologische technieken die worden gebruikt bij microbiële typering.
- Beide technieken kunnen worden gebruikt voor microbiële fylogenetische analyse.
- Beide technieken zijn gebaseerd op genetisch polymorfisme.
- Ze kunnen worden gebruikt voor de detectie van menselijke ziekten die microbiële pathogenen veroorzaken.
- Beide technieken moeten worden uitgevoerd door ervaren moleculair biologen.
Wat is het verschil tussen MLVA en MLST?
MLVA is een techniek die het polymorfisme van tandem herhaalde DNA-sequenties gebruikt om microbiële soorten te karakteriseren. Ondertussen is MLST een techniek die het polymorfisme van DNA-sequenties van interne fragmenten van meerdere huishoudgenen gebruikt om microbiële soorten te karakteriseren. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen MLVA en MLST. Bovendien is de MLVA-methode selectiever dan de MLST-methode.
De onderstaande infographic presenteert de verschillen tussen MLVA en MLST in tabelvorm voor vergelijking naast elkaar.
Samenvatting – MLVA vs MLST
MLVA en MLST zijn twee moleculair biologische technieken die worden gebruikt bij microbiële typering. MLVA gebruikt het polymorfisme van tandem herhaalde DNA-sequenties om microbiële soorten te karakteriseren, terwijl MLST het polymorfisme van DNA-sequenties van interne fragmenten van meerdere huishoudgenen gebruikt om microbiële soorten te karakteriseren. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen MLVA en MLST.
