Het belangrijkste verschil tussen gerichte en ongerichte proteomics is dat de gerichte proteomics gericht zijn op het meten van de overvloed van een specifiek eiwit, terwijl ongerichte proteomics zich niet op een specifiek eiwit richten.
Proteomics is de grootschalige studie van eiwitten, hun structuren en functies. Het bestudeert het volledige eiwitcomplement in een cel, weefsel of een organisme onder specifieke omstandigheden. Er zijn twee soorten proteomics als gerichte proteomics en ongerichte proteomics.
Wat is Targeted Proteomics?
Zoals de naam al aangeeft, richten gerichte proteomics zich op een specifiek eiwit of een peptide in een complex mengsel van eiwitten voor analyse. Vervolgens analyseert het de aanwezigheid en hoeveelheid van dat vooraf geselecteerde specifieke eiwit. Deze methode is mogelijk voor slechts één monster of voor meerdere monsters. Deze methode is zelfs geschikt voor een specifieke groep eiwitten. Het resulteert in nauwkeurigere, kwantitatieve en gevoelige gegevens. Bovendien produceert massaspectrometrie in combinatie met gerichte proteomics nauwkeuriger betrouwbare metingen. Deze methode maakt voor de analyse gebruik van een drievoudige quadrupoolmassaspectrometer (QQQ).
Figuur 01: Proteomics
Gerichte proteomics is een geschikte methode als je wilt verifiëren of een knockdown-doelwit daadwerkelijk is neergehaald of als je een bepaald eiwit/peptide wilt kwantificeren in bloedserum, hersenvocht of in cellysaat enz. Je kunt ook gebruik het als u wilt controleren of een bepaald eiwit differentieel tot expressie wordt gebracht over monsters of tijdens een tijdsverloopexperiment.
Wat is Untargeted Proteomics?
Untargeted proteomics, zoals de naam al zegt, richt zich niet op een specifiek eiwit of peptide voor zijn analyse. Discovery proteomics is een andere naam voor Untargeted proteomics. In feite is het een meer ‘globale’ analyse. Over het algemeen is het uitvoeren van ongerichte proteomics het beantwoorden van de vraag "welk eiwit of eiwitten zijn in dit monster of meerdere monsters?". Deze methode is niet gevoelig als gerichte proteomics. Maar het kan veel eiwitten identificeren en meten, waaronder nieuwe eiwitten. Ongerichte proteomics kunnen zowel kwantitatieve als kwalitatieve metingen opleveren.
Wat zijn de overeenkomsten tussen gerichte en ongerichte proteomics?
- Zowel gerichte als ongerichte proteomics meten eiwitten in monsters.
- Ze zijn belangrijk in proteoomanalyse.
- Deze methoden gebruiken massaspectrometrie.
Wat is het verschil tussen gerichte en ongerichte Proteomics?
Ten eerste is gerichte proteomics de bepaling van de aanwezigheid en hoeveelheid van een bepaald eiwit of peptide in een complex mengsel van eiwitten. Daarentegen is ongerichte proteomics de kwantitatieve en kwalitatieve studie van eiwitten die aanwezig zijn in een monster of monsters zonder zich op een bepaald eiwit te richten. Gerichte proteomics worden uitgevoerd met vooraf geselecteerde of gerichte eiwitten, terwijl ongerichte proteomics wordt uitgevoerd om de soorten eiwitten in dit monster te achterhalen. Bovendien is gerichte proteomics gevoeliger dan ongerichte proteomics.
Samenvatting – Gerichte versus ongerichte Proteomics
Samenvattend, gerichte en ongerichte proteomics zijn twee soorten eiwitstudies. Zoals hun namen suggereren, richten gerichte proteomics zich op een specifiek eiwit, terwijl ongerichte proteomics zich niet op een specifiek eiwit richten. Dit is het verschil tussen gerichte en ongerichte proteomics.
