Het belangrijkste verschil tussen polysoomprofilering en ribosoomprofilering is dat polysoomprofilering ribosoomgedrag analyseert met zowel ribosoom als mRNA (polysoom) tijdens translatie, terwijl ribosoomprofilering ribosoomgedrag analyseert alleen met behulp van de mRNA-sequentie tijdens translatie.
Vertaling is de tweede fase van eiwitsynthese die de informatie in het mRNA omzet in een aminozuursequentie. Translatomics is een studie van ORF's (open leeskaders) die actief worden vertaald in een cel van een organisme. Polysoom- en ribosoomprofileringstechnieken zijn twee soorten technieken op het gebied van moleculaire biologie om verschillende parameters te beoordelen en af te leiden in de context van het analyseren van het translatoom.
Wat is polysoomprofilering?
Polysoomprofilering is een techniek die de status van translatie van een specifiek mRNA afleidt door het gedrag van zowel ribosoom als mRNA (polysoom) te analyseren. Met andere woorden, deze techniek levert gegevens en conclusies over de associatie van mRNA's met ribosomen. Het polysoom verwijst naar de groep ribosomen gebonden aan een mRNA dat aanwezig is tijdens de verlengingsfase van translatie.
Figuur 01: Polysoomprofilering
Polysoomprofilering vereist het cellysaat, dat vervolgens wordt gecentrifugeerd. Het gecentrifugeerde monster wordt vervolgens gescheiden op basis van hun dichtheden om de kleine en grote subeenheden van de ribosomen en het overeenkomstige mRNA dat betrokken is bij de vorming van het polysoom te karakteriseren. Verder omvat het proces ook het meten van optische dichtheid. Experts zijn nodig om polysoomprofilering uit te voeren.
Polysoomprofileringstechniek is een belangrijk hulpmiddel voor veel toepassingen. Wetenschappers gebruiken deze techniek om de mate van translatie in cellen te bestuderen. Meer specifiek is het een hulpmiddel om nauwkeurige informatie te verstrekken over de studie van individuele eiwitten en hun specifieke mRNA's. In de context van het bestuderen van de mate van translatie van een bepaald mRNA, is de polysoomprofileringstechniek van vitaal belang. Hier kunnen de 3'- en 5'-sequenties van een mRNA worden onderzocht met verwijzing naar hun effecten op de hoeveelheid geproduceerd mRNA en het niveau van translatie.
Wat is ribosoomprofilering?
Ribosoomprofilering is een techniek die het gedrag van het ribosoom analyseert met betrekking tot zijn mRNA tijdens translatie. Deze techniek is gevonden en ontwikkeld door Joan Steitz en Marilyn Kozak. Later werd deze technologie verder ontwikkeld door twee wetenschappers, Nicholas en Jonathan, in combinatie met next-generation sequencing, wat leidde tot de ontwikkeling van verschillende verwante technieken zoals Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP)-methodologie.
Figuur 02: Ribosome Sequencing
De procedure van ribosoomprofilering omvat het isoleren van het mRNA, het verwijderen van het RNA dat niet aan ribosomen is gebonden en het scheiden van het aan ribosomen gebonden mRNA. Na deze procedure wordt het mRNA-isolaat omgekeerd getranscribeerd en vindt cDNA-synthese plaats. Ten slotte kunnen sequentiegegevens worden uitgelijnd met het translationele profiel om de kenmerken van het ribosoomgedrag met betrekking tot het mRNA af te leiden.
Ribosoomprofilering helpt veel onderzoekers bij het identificeren en afleiden van de locatie van startplaatsen van translatie, het complement van vertaalde open leesframes (ORF's) in een cel of een weefsel, de verdeling van ribosomen op mRNA en de snelheid van ribosomen vertalen. Ribosoomprofilering is ook bekend als ribosoomvoetafdruk of Ribo Seq.
Wat zijn de overeenkomsten tussen polysoomprofilering en ribosoomprofilering?
- Polysoom- en ribosoomprofilering zijn moleculair biologische technieken die belangrijk zijn in onderzoek.
- Ze geven informatie over het vertaalproces.
- Beide profileringsprocessen leveren gegevens door analyse van het translatoom.
- Er zijn professionele experts nodig om beide technieken uit te voeren voor nauwkeurige resultaten.
- Bioinformatica-tools spelen bij beide technieken een belangrijke rol.
Wat is het verschil tussen polysoomprofilering en ribosoomprofilering?
Polysoomprofilering analyseert het ribosoomgedrag met behulp van zowel ribosoom als mRNA (polysoom) tijdens translatie, terwijl ribosoomprofilering het ribosoomgedrag alleen analyseert met behulp van de mRNA-sequentie tijdens translatie. Dit is dus het belangrijkste verschil tussen polysoomprofilering en ribosoomprofilering. Bovendien omvat polysoomprofilering technieken zoals dichtheidsgradiëntcentrifugatie en optische dichtheidsmetingen, terwijl ribosoomprofilering mRNA-extractie en sequencingtechnieken omvat. Ook is ribosoomprofilering nauwkeuriger dan polysoomprofilering.
De onderstaande infographic presenteert de verschillen tussen polysoom- en ribosoomprofilering in tabelvorm voor vergelijking naast elkaar.
Samenvatting – Polysoomprofilering versus ribosoomprofilering
Vertaling is de tweede fase van eiwitsynthese waarbij de informatie over de mRNA-sequentie wordt omgezet in een aminozuursequentie. Dit proces vereist een mRNA-sjabloon, ribosomen, aminozuren, tRNA en andere factoren. Polysoom- en ribosoomprofilering zijn twee moleculaire technieken. Polysoomprofilering analyseert het ribosoomgedrag met behulp van zowel ribosoom als mRNA (polysoom) tijdens translatie, terwijl ribosoomprofilering het ribosoomgedrag alleen analyseert met behulp van de mRNA-sequentie tijdens translatie. Polysoomprofilering omvat technieken zoals dichtheidsgradiëntcentrifugatie en optische dichtheidsmetingen. Ribosoomprofilering omvat technieken zoals mRNA-extractie, cDNA-synthese en sequencing. Dit vat dus het verschil samen tussen polysoomprofilering en ribosoomprofilering.
