Het belangrijkste verschil tussen BLAST en FastA is dat de BLAST een basisuitlijningshulpmiddel is dat beschikbaar is op de website van het National Center for Biotechnology Information, terwijl FastA een hulpmiddel is voor het zoeken naar overeenkomsten dat beschikbaar is op de website van het European Bioinformatics Institute.
BLAST en FastA zijn twee software die veel wordt gebruikt om biologische sequenties van DNA, aminozuren, eiwitten en nucleotiden van verschillende soorten te vergelijken en hun overeenkomsten te zoeken. Deze algoritmen zijn geschreven met het oog op snelheid. Want toen wetenschappers halverwege de jaren tachtig DNA in het laboratorium konden isoleren, ontstond de behoefte om in hoog tempo identieke genen te vergelijken en te vinden voor verder onderzoek. Daarom zijn deze twee software zo ontwikkeld dat de gebruiker snel vergelijkbare reeksen kan zoeken met die van hun zoekreeksen.
BLAST is een acroniem voor Basic Local Alignment Search Tool en gebruikt de gelokaliseerde benadering bij het vergelijken van de twee reeksen. FastA is een software die verwijst naar Fast A, waarbij A staat voor All. Hier werkt de software met alfabetten zoals Fast A voor DNA-sequencing en Fast P voor eiwit. Zowel BLAST als FastA zijn erg snel in het vergelijken van elke genoomdatabase en zijn daarom zowel financieel als tijdbesparend.
Wat is BLAST?
BLAST is een van de meest gebruikte bioinformatica-software die in 1990 is ontwikkeld. Sindsdien is het voor iedereen beschikbaar op de NCBI-site. Bovendien kan iedereen toegang krijgen tot deze software en deze gebruiken. Bovendien is BLAST software die invoergegevens of sequenties in FastA-formaat nodig heeft. Maar het geeft uitvoergegevens in platte tekst, HTML of XML-indeling. BLAST werkt volgens het principe van het zoeken naar gelokaliseerde overeenkomsten tussen twee reeksen en een shortlist van de gelijkaardige reeksen, en daarna zoekt het naar overeenkomsten in de buurt.
Figuur 01: BLAST-resultaten
Deze software zoekt dus naar een groot aantal vergelijkbare lokale regio's en geeft het resultaat bij het bereiken van een drempelwaarde. Dit proces verschilt echter van de eerdere software, die eerst de hele reeks doorzoekt en vervolgens de vergelijking maakt, en daarom veel tijd kostte.
Afgezien van de bovenstaande gelijkeniscontrole, heeft BLAST vele andere toepassingen, zoals het in kaart brengen van DNA, het vergelijken van twee identieke genen in verschillende soorten, het creëren van een fylogenetische boom, enz.
Wat is FastA?
FastA is software voor het uitlijnen van eiwitsequenties. David J. Lipman en William R. Pearson beschreven deze software in 1985. Hoewel het aanvankelijke gebruik van deze software was om alleen de eiwitsequenties te vergelijken, was de gewijzigde versie ervan in staat om ook DNA-sequenties te vergelijken. Hier gebruikt deze software het principe om de overeenkomst tussen twee sequenties statistisch te vinden. Het komt overeen met een sequentie van het DNA of eiwit met een andere sequentie door middel van de lokale sequentie-uitlijningsmethode.
Figuur 02: FastA
Het zoekt echter naar lokale regio's voor gelijkenis, maar niet de beste overeenkomst tussen twee reeksen. Omdat deze software soms gelokaliseerde overeenkomsten vergelijkt, kan het ook met mismatches komen. In een reeks neemt FastA een klein deel dat bekend staat als k-tupels, waarbij de tupels van 1 tot 6 kunnen zijn en overeenkomt met de k-tupels van de andere reeks. Aan het einde van het afstemmingsproces, wanneer het een drempelwaarde bereikt, produceert het het resultaat.
Wat zijn de overeenkomsten tussen BLAST en FastA?
- BLAST en FastA zijn bioinformatica-tools die worden gebruikt om eiwit- en DNA-sequenties te vergelijken op overeenkomsten.
- Bovendien gebruiken beide programma's een scorestrategie om vergelijkingen tussen de reeksen te maken.
- Bovendien produceren beide tools zeer nauwkeurige resultaten.
Wat is het verschil tussen BLAST en FastA?
BLAST is een hulpmiddel om de overeenkomst tussen biologische sequenties te controleren. Aan de andere kant is FastA een ander programma dat de gelijkeniscontrole van eiwit- en DNA-sequenties vergemakkelijkt. In vergelijking met FastA is BLAST-software echter erg populair omdat het nauwkeurigere en snellere resultaten oplevert. Daarom is dit het verschil tussen BLAST en FastA. Bovendien kan het BLAST-programma, in tegenstelling tot FastA, worden aangepast aan de behoefte van de gebruiker. Daarom is dit een ander verschil tussen BLAST en FastA.
De onderstaande infographic over het verschil tussen BLAST en FastA geeft meer details.
Samenvatting – BLAST vs FastA
BLAST en FastA zijn twee programma's waarmee de gebruiker zijn queryreeks kan vergelijken met de reeksen in de bestaande databases en de overeenkomsten kan controleren. Het oorspronkelijke doel van FastA was om alleen eiwitsequenties te vergelijken. Maar de gewijzigde versie van deze software vergemakkelijkt zowel eiwit- als DNA-sequentievergelijkingen. Hoewel FastA goede software is, gebruiken de meeste mensen de BLAST-uitlijningstool omdat het populairder is en nauwkeurigere en snellere resultaten oplevert dan FastA. De BLAST-tool kan ook worden aangepast aan de gebruikersvereisten. In het kort vat dit het verschil tussen BLAST en FastA samen.
